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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatctgagttctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacataatttggtttcttcaaatctcgtgtttgactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript 13113.m00246
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: 13113.m00246 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: AC235535.1_FGT001 (Zea mays), 3'ss of exon 10
--------------------------------------------------------------tgatctgagtt----ctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacataatttggtttcttcaaatctcgtg-tttgactttgacatttatgtc--cattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
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gtgattgttttccattgccatgcagatttgaatgcattattcgttagcaagtgtgtattgggagatatcagacaccgctcgtgggatgctgagcatgtgcacagtgcacctcattaagcactcgcttgtcctataattttcctttgtctgacatcgcatcatcctgcagATGACCAGGCTTTTGGATATCTTGGAAGATTATCTTATGTATAGAGGTTATCAGTATTGTCGAATTGACGGAAATACAGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT

upper sequence: 13113.m00246 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G010085_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
---------------------------------------------------------------tgatctgagttctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacat-------aatttggtttcttcaaatctcgtgtttgactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
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gtgtgttttccaatcccatgcagatttgaatgcattatttatttagcaagtgtgtgttaggagatatcagacaccactctggatggtgagcatgtgcacagtgcacctcattaaaaacttggttgtcctagaatttttatttgcct--gaca--tagcaccatcctgcagATGACCAGGCTTTTGGATATCTTGGAAGATTATCTTATGTATAGGGGATATCAGTATTGTCGAATTGATGGAAATACAGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT

upper sequence: 13113.m00246 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA13G28720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
------------------------------------tgatc-tgagttctctatggttcctaagcatgttaacgt-----cacacataatttggtttcttcaaatctcgtgtttgactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
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gtcagttctgtcagagtgtgtgattcttgtcactgatgattgtgaataccttatattttgcaacc-tgtttttgtttgctctcatttatttctgccttttgaattttcttctgtgcct--aatttgtggtttttctccccagATGACTAGGCTACTAGACATACTCGAAGATTATTTAGTGTTTCGTGGATATCAATATTGCCGCATTGATGGAAATACTGGTGGGGATGATCGAGATGCTT

upper sequence: 13113.m00246 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT5G18620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
--------tgatctgagttctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacataatttggtttcttcaaatctcgtgt-ttgactttgacatttatgtccattc-ta-cagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
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gtattcattaacgcaaacaaataattgttcctatctttgattccttttttctgagtgatatctttcttggttctttgtgcttattccaacgattttgctcatctgtatcagATGACAAGGCTTTTGGATATTCTCGAGGATTACCTAATGTATCGTGGTTACCAGTACTGCCGTATTGATGGAAATACTGGTGGTGACGAACGAGATGCTT

upper sequence: 13113.m00246 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv05s0020g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
-------------------------------------------------tgatctgagttctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacataatttggtttct-tcaaatctcgtgttt-----gactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
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gtcagttgctgtctggaatcaaaatcttgagttatgcattcagatgactcctgcagaccctttttttgtatgcctgtacattattctataacctcattttcattgtatttaatgttgtatttttgtggatgggggaccttctatttaaaattcagATGACAAGGTTGCTGGACATTCTTGAAGATTACTTGATGTTTCGAGGATACCTGTATTGTCGAATTGATGGAAATACAGGGGGAGAAGATCGTGATGCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttggtttcttcaaatctcgtgtttgactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT
                             ctttgac  putative branch site (score: 4)
                                           tccattct  putative PPT
                                  acatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tgatctgagttctctatggttcctaagcatgttaacgtcacacataatttggtttcttcaaatctcgtgtttgactttgacatttatgtccattctacagATGACCAGGCTTTTGGATATATTGGAAGATTATCTTATGTACAGAGGCTATCAGTATTGCCGGATAGATGGAAATACTGGTGGAGAAGATCGTGATGCAT

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tgatctg
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