Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagttcctttatatgtatccttttttttaccccttgatacggctatgcaaagcatttgctcatgatgtaacaaagctgtttatgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGATGACGACCATTACAAAAAAGCTTGATATTTTATGTAATCTGAGGAATAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G29730.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207791941|gb|GD765948.1|GD765948
EST:     CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAA                         GTTGTCGTTGAAGGCTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
genomic: CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAAgtcagttcct ... atgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
EST: gi|51336058|gb|CO979924.1|CO979924
EST:     CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAA                         GTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
genomic: CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAAgtcagttcct ... atgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
EST: gi|208084623|gb|GD885021.1|GD885021
EST:     CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAA                         GTTGTCGTTGAAGGCTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
genomic: CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAAgtcagttcct ... atgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
EST: gi|193409056|gb|FK372430.1|FK372430
EST:     CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAA                         GTTGTCGTTGAAGGCTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA
genomic: CATGTTGATGAACTATCACGGGAGCTCAAGCTTCCAATGGAAAAGATCAAgtcagttcct ... atgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacggctatgcaaagcatttgctcatgatgtaacaaagctgtttatgatgtcagGTTGTCGTTGAAGACTCTTGCAGATGATGGAGAAATATACTCCACCATAGATGACGACCATTACAAAAAAGCTTGATATTTTATGTAATCTGAGGAATAT
                            atgtaac  putative branch site (score: 3)
 tttatgat  TA-rich tract