Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagacaatgcttcctttaaccattgataaaaatattttctatgcatttccataacttgctctcttttgtttttttggcttatatgaacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G30910.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207719391|gb|GD703416.1|GD703416
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208043262|gb|GD837880.1|GD837880
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGA
EST: gi|12772704|gb|BG237640.1|BG237640
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|23727814|gb|BU761942.1|BU761942
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208189726|gb|GD992278.1|GD992278
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193668309|gb|FK608529.1|FK608529
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208328084|gb|GE119890.1|GE119890
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|209702643|gb|BW652738.1|BW652738
EST:     AGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|209710516|gb|BW662052.1|BW662052
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193342522|gb|FK306782.1|FK306782
EST:     CTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: CTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|51335534|gb|CO979400.1|CO979400
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208076553|gb|GD873956.1|GD873956
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193732673|gb|FK668825.1|FK668825
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193394087|gb|FK357700.1|FK357700
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGAG
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGAG
EST: gi|193424784|gb|FK392047.1|FK392047
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTAATTGGTCCTAGAG
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTA-TTGGTCCTAGAG
EST: gi|58018438|gb|CX705180.1|CX705180
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208301945|gb|GE097425.1|GE097425
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|207783519|gb|GD758053.1|GD758053
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|208049627|gb|GD847032.1|GD847032
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|298165680|gb|HO008651.1|HO008651
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193467399|gb|FK432512.1|FK432512
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGAGCTAATT
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGAGCTAATT
EST: gi|14012034|gb|BG726965.1|BG726965
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|207813101|gb|GD785021.1|GD785021
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|192332518|gb|FK025623.1|FK025623
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
EST: gi|193677916|gb|FK616654.1|FK616654
EST:     AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTT                         ATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
genomic: AAAACCTAAAGTCCCAGGCTATCAAATGGACTGGAATGCAGGATTTGCTTgtaagacaat ... aacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgcatttccataacttgctctcttttgtttttttggcttatatgaacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA
        ccataac  putative branch site (score: 3)
                     tcttttgttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagacaatgcttcctttaaccattgataaaaatattttctatgcatttccataacttgctctcttttgtttttttggcttatatgaacattgaagATGCAAAGAATGGAGTGCCTATTGGTCCTAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA