Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcgtaaatcttgcttatgaacacacaccatgtagaatattgtccttctgatgctatatatttgattgaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCTTACTTCTCAAATGCAGGATCTCCTCTTGCAACCTTATAAAAGTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G16650.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G16650.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0016g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
--gtatgcgtaaatcttgcttatgaacacacaccatgtagaatattgtccttctgatgctatatatttgattgaaactc------------------cagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCTTACTTCTCAAATGCAGGATCTCCTCTTGCAACCTTATAAAAGTTT----
                                                                             ||                  ||||||||||||||| ||| ||||||    |||||| | || |||||| || | |||||| | |||||||||||||| || || || || |||||||||    
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttgtttcatgtgtgatccagGCACATCCTTTTATCAGCATGTACAGAGACTTGAATGTTGATCTTGCAACATACTTCACCAATGCAGGATCTCCACTCGCTACATTTTAAAAGTTTGTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21594477|gb|BQ610165.1|BQ610165
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|254339551|gb|GR848268.1|GR848268
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAG-AATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|17963085|gb|BM269838.1|BM269838
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|192319245|gb|FK006945.1|FK006945
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAG-AATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCA-CATGTA
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTA
EST: gi|254339552|gb|GR848269.1|GR848269
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|10848164|gb|BF070707.1|BF070707
EST:     TCTACAGAAAGACCCAGAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTT
EST: gi|9819336|gb|BE554849.1|BE554849
EST:     AAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: AAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|120492107|gb|EH220274.1|EH220274
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|15813972|gb|BI786247.1|BI786247
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|17152997|gb|BM142930.1|BM142930
EST:     CAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: CAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|254326661|gb|GR832813.1|GR832813
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|254326660|gb|GR832812.1|GR832812
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
EST: gi|15814302|gb|BI786577.1|BI786577
EST:     TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATG                         GCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT
genomic: TCTACAGAAAGACCCAAAGGATCGACTGTCAGCTCAGGAATTAATGgtatgcgtaa ... gaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acacaccatgtagaatattgtccttctgatgctatatatttgattgaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCTTACTTCTCAAATGCAGGATCTCCTCTTGCAACCTTATAAAAGTTT
                                tatatatttgattgaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcgtaaatcttgcttatgaacacacaccatgtagaatattgtccttctgatgctatatatttgattgaaactccagGCACATCCTTTTGTCAACATGTATGATGACTTGGAGGTGGATCTTTCAGCTTACTTCTCAAATGCAGGATCTCCTCTTGCAACCTTATAAAAGTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC