1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ggccacagatagattaaatctttcttgatgagttttctgtgtatgatacatcaatgatgttcattttctagttcttctatgctgttttgtttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAGCATACCCATTTGAAGACCAAGAGGATCCCAAAAATTTCAGGAAAACCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20090.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAG TTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAEST: gi|254336045|gb|GR841370.1|GR841370
genomic: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAGgtaattttgt ... ttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGA
EST: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAG TTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAEST: gi|254322662|gb|GR838076.1|GR838076
genomic: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAGgtaattttgt ... ttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGA
EST: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAG TTAGCAGATGTATGGTCCTGTEST: gi|254326913|gb|GR836522.1|GR836522
genomic: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAGgtaattttgt ... ttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGT
EST: GTTCTTTCACGTAGAGAGTATGAT-GAAAG TTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAEST: gi|254339597|gb|GR848314.1|GR848314
genomic: GTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAGgtaattttgt ... ttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGA
EST: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAG TTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGA
genomic: CGGCCTACATTGCACCTGAGGTTCTTTCACGTAGAGAGTATGATGGAAAGgtaattttgt ... ttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGA
atacatcaatgatgttcattttctagttcttctatgctgttttgtttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAGCATACCCATTTGAAGACCAAGAGGATCCCAAAAATTTCAGGAAAACCA
ttttgtttctgctc CT-rich tract
ttcatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggccacagatagattaaatctttcttgatgagttttctgtgtatgatacatcaatgatgttcattttctagttcttctatgctgttttgtttctgctcagTTAGCAGATGTATGGTCCTGTGGAGTGACTCTTTATGTAATGCTGGTGGGAGCATACCCATTTGAAGACCAAGAGGATCCCAAAAATTTCAGGAAAACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- ccacaga
- - - - - - - - - - - -cttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgtt