1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gtagtgaatttgaggggcagttttttcttgttgctcacaaggtctatttttctgctaaccctcatagtataaaaatgacattgcaatatggtgattacagGCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTTGTTGATCCAAGGTTGCAGAAAAGTTACGAAGCTGATGAGATGGAAAGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G08610.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCCACCAATCACTACAGCAGGATCAAGAAATGAGAGCCTCGTCGACTGG GCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTTEST: gi|51343582|gb|CO984315.1|CO984315
genomic: ATCCACCAATCACTACAGCAGGATCAAGAAATGAGAGCCTCGTCGACTGGgtgagttgac ... gtgattacagGCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTT
EST: ATCCACCAATCACTACAGCAGGATCAAGAAATGAGAGCCTCGTCGACTGG GCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTT
genomic: ATCCACCAATCACTACAGCAGGATCAAGAAATGAGAGCCTCGTCGACTGGgtgagttgac ... gtgattacagGCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTT
atttttctgctaaccctcatagtataaaaatgacattgcaatatggtgattacagGCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTTGTTGATCCAAGGTTGCAGAAAAGTTACGAAGCTGATGAGATGGAAAGAA
tgctaac putative branch site (score: 1)
tcatagtataaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtgaatttgaggggcagttttttcttgttgctcacaaggtctatttttctgctaaccctcatagtataaaaatgacattgcaatatggtgattacagGCTAGGCCATTGCTTGCTCAAGCACTACAAGATGGTGACTTCGACAATCTTGTTGATCCAAGGTTGCAGAAAAGTTACGAAGCTGATGAGATGGAAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - tgagggg
- - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattgca