Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgaccaataatttttgtattgtttctatttttatctttattttgttttggactaaaatttggtaaaacttagtttacattgcacactgtattgtgaaaacactcataccgctagatctaataaattttgggattctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G01820.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7685788|gb|AW756436.1|AW756436
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|208240285|gb|GE040911.1|GE040911
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193622826|gb|FK571096.1|FK571096
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|16347802|gb|BI973397.1|BI973397
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCCTG                         GTGTGGACATTTGCAAA-GTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATT-GCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|308098808|gb|HO760649.1|HO760649
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|213613771|gb|DB961268.1|DB961268
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|207775299|gb|GD750300.1|GD750300
EST:     TTGTCTTGGAATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: TTGTCTTGGA-TGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193391542|gb|FK356119.1|FK356119
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTG
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTG
EST: gi|208278564|gb|GE076243.1|GE076243
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|207757388|gb|GD727168.1|GD727168
EST:     TGTCTTGGATGAAGCCCAAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: TGTCTTGGATGAAG-CC-AAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193377114|gb|FK342751.1|FK342751
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTG
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTG
EST: gi|209701913|gb|BW664567.1|BW664567
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193588046|gb|FK539189.1|FK539189
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAG
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAG
EST: gi|208257921|gb|GE050952.1|GE050952
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|207839904|gb|GD810097.1|GD810097
EST:     CCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: CCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193411626|gb|FK381617.1|FK381617
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTTGTCTAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATT-G-C-AAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|208106673|gb|GD905622.1|GD905622
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTACTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGT-CTTGCTCCT
EST: gi|207847941|gb|GD819610.1|GD819610
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|22540736|gb|BU090579.1|BU090579
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|151396040|gb|EV265917.1|EV265917
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|208117268|gb|GD918182.1|GD918182
EST:     TTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: TTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|9440203|gb|BE440712.1|BE440712
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|213587217|gb|DB965921.1|DB965921
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|151397387|gb|EV267260.1|EV267260
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|208143785|gb|GD942886.1|GD942886
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|207783866|gb|GD756846.1|GD756846
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|6746823|gb|AW317279.1|AW317279
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|151406560|gb|EV276375.1|EV276375
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193415139|gb|FK378405.1|FK378405
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|298195370|gb|HO039201.1|HO039201
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAA-GATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCTACTTACG
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCTACTTACG
EST: gi|209711953|gb|BW679032.1|BW679032
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
EST: gi|193577177|gb|FK535700.1|FK535700
EST:     GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATG                         GTGTGGACA-TGCAAAAGTCTTGCTCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAGCCAAAGATGTCTTGGTTGAGTTTTATGCACCATGgtactgacca ... attctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtattgtgaaaacactcataccgctagatctaataaattttgggattctgctagGTGTGGACATTGCAAAAGTCTTGCTCCT
                            atctaat  putative branch site (score: 3)
                                              ttctgct  putative PPT
                         tagatctaataaattt  TA-rich tract