1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...agactgttttacttctctttttccttcctttctacaatgactaatttgttccttgtttttctttgaaaatctgttgttgcttgtcttttgaatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTGGAGAAGATGCATGCAAGAGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G53810.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCT ATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTGEST: gi|208287740|gb|GE081317.1|GE081317
genomic: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCGtgagtataag ... aatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTG
EST: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCT ATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTGEST: gi|208101911|gb|GD900712.1|GD900712
genomic: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCGtgagtataag ... aatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTG
EST: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCT ATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTG
genomic: ACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCGtgagtataag ... aatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTG
ttgttccttgtttttctttgaaaatctgttgttgcttgtcttttgaatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTGGAGAAGATGCATGCAAGAGGG
tttttctttgaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agactgttttacttctctttttccttcctttctacaatgactaatttgttccttgtttttctttgaaaatctgttgttgcttgtcttttgaatgtgtagtATGACTGCGGAAATGGTTGCATGTATAGCAGTCGAGTCCCTATCGATCCTGGAGAAGATGCATGCAAGAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - ccttcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - caatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct