1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gtgcttaaacattggatgaaatcccactatcattacttttttttggttagttattgatgttgagtatctccatattctgcatatattgtgtctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTCGGCATGGGAGTATGTGCCGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G00910.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAG GAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGAEST: gi|9986219|gb|BE660327.1|BE660327
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgctttt ... tctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAG GAAAGGGTCTCGGTNTGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGAEST: gi|298194892|gb|HO043364.1|HO043364
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgctttt ... tctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAG GGAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGAEST: gi|192294916|gb|FG986639.1|FG986639
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgctttt ... tctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAG GAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGAEST: gi|19452347|gb|BM953757.1|BM953757
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgctttt ... tctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAG GAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCAAATGCACCTAAGTACATTGCGGAGGCCAGgtttgctttt ... tctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
gttagttattgatgttgagtatctccatattctgcatatattgtgtctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTCGGCATGGGAGTATGTGCCGAA
gtctaaa putative branch site (score: 3)
atatattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcttaaacattggatgaaatcccactatcattacttttttttggttagttattgatgttgagtatctccatattctgcatatattgtgtctaaaacagGAAAGGGTCTCGGTATGGACATGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTCGGCATGGGAGTATGTGCCGAA
gtgctta
- - - - - - tggatga
- - - - - - - - - - -tcccact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatat