1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagttcttagttatggaagcttatatacgagtttgtgattgttatatttataacctcaatttatttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTTAAGCAACTTGTCACCTTCTCCGCCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G29730.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|193516300|gb|FK472540.1|FK472540
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|193534862|gb|FK489026.1|FK489026
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|10844008|gb|BF070887.1|BF070887
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|193519701|gb|FK477146.1|FK477146
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|51336058|gb|CO979924.1|CO979924
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|9204441|gb|BE330665.1|BE330665
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTEST: gi|51345216|gb|CO985949.1|CO985949
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
EST: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGAT GAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
genomic: GGTTAATGAGGCTTTTGACACAAAGGAAATGGAGGCAGTGATgtaagttctt ... ttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGT
cttatatacgagtttgtgattgttatatttataacctcaatttatttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTTAAGCAACTTGTCACCTTCTCCGCCAG
tttattt CT-rich tract
attgttatatttataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttcttagttatggaagcttatatacgagtttgtgattgttatatttataacctcaatttatttaatgatagGAATGGTATGTATGTTCGTGTTTATGGGCATTTGAAAAGTTTTCAAGGTGTTAAGCAACTTGTCACCTTCTCCGCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA