Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattactgacctgtattttttttatttgtgtctttattttcctgttcgcatccagttggccctctcccctttcctgttctgcttccagttgttcacttatatagtttttcttcgttttatgtgcgtggactttgttttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTTGCCAATGGTTACTCTGCCTCTTGAGAAAATGGCTACTAGGGTTGCTGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36330.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7042366|gb|AW472260.1|AW472260
EST:     AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
EST: gi|22931219|gb|BU548358.1|BU548358
EST:     AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
EST: gi|58020967|gb|CX707709.1|CX707709
EST:     AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
EST: gi|14008864|gb|BG725468.1|BG725468
EST:     AAGAATGAACACATCANACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
EST: gi|58014295|gb|CX701037.1|CX701037
EST:     AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: AAGAATGAACACATCAGACGGAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
EST: gi|18039692|gb|BM307986.1|BM307986
EST:     GAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTC                         GCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT
genomic: GAGTTCTTTAGCAGACTTATTCCTTGACTCgtaattactg ... tttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcacttatatagtttttcttcgttttatgtgcgtggactttgttttcttttagGCCTTTATGCAATGCACATACAACAGGAACAGATATACTATGGGCAGGTTTGCCAATGGTTACTCTGCCTCTTGAGAAAATGGCTACTAGGGTTGCTGGG
                                       ctttgttttctttt  CT-rich tract
      ttatatagtttttctt  TA-rich tract