Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagatacttgatgcttgcagatgagtgagagaatgatttgctataactcattacatgcttcctgatttcttattacttgcagTTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACATCTACCGCATTGCTACTTTGTAAATGATTATAAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36330.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6747161|gb|AW317617.1|AW317617
EST:     TCCCTGGAACAACTGGGGCTACTTACATAGACTACTTAGTCACTGATGAG                         TTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACAT
genomic: TCCCTGGAACAACTGGGGCTACTTACATAGACTACTTAGTCACTGATGAGgttagatact ... ttacttgcagTTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACAT
EST: gi|6747206|gb|AW317662.1|AW317662
EST:     TCCCTGGAACAACTGGGGCTACTTACATAGACTACTTAGTCACTGATGAG                         TTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACAT
genomic: TCCCTGGAACAACTGGGGCTACTTACATAGACTACTTAGTCACTGATGAGgttagatact ... ttacttgcagTTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agagaatgatttgctataactcattacatgcttcctgatttcttattacttgcagTTTGTTTCACCACTACGGTATGCAAATATATATTCAGAGAAGATTGTACATCTACCGCATTGCTACTTTGTAAATGATTATAAACAG
                                tcctgat  putative branch site (score: 3)
                                      tttcttatt  CT-rich tract
                                     atttcttattactt  TA-rich tract