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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattatttaaattttgctatgtataattatcccaaggtagtgtctttttgccattaataaagcttcaaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTGCTTCTACCTTGGATGGGATTGATTCACTCTTGTCAATTGTCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36930.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22933741|gb|BU550880.1|BU550880
EST:     AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG                         GTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
EST: gi|16106300|gb|BI894040.1|BI894040
EST:     AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG                         GTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTG
EST: gi|208083435|gb|GD880963.1|GD880963
EST:     AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTG                         GTATGGTTGCTGCCC
genomic: AGGCATACAAGTCATTATTGCTGGTGCTGGTGGTGCAGCTCACTTGCCTGgtaaattatt ... caaatctcagGTATGGTTGCTGCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtataattatcccaaggtagtgtctttttgccattaataaagcttcaaatctcagGTATGGTTGCTGCCCTTACTCCCTTGCCTGTTATTGGCGTTCCTGTGCGTGCTTCTACCTTGGATGGGATTGATTCACTCTTGTCAATTGTCCAG
                               cattaat  putative branch site (score: 3)
                                attaataaa  TA-rich tract