Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccttacaatcctgttttcttttagatacaatgctatgaaaaatgctgtatgcttattcattttaaaagataattaatatactgatttgctctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G01270.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173431|gb|HO016767.1|HO016767
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCGACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|15287866|gb|BI471757.1|BI471757
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|207846501|gb|GD820722.1|GD820722
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTG-CCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|193628826|gb|FK577662.1|FK577662
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|192307222|gb|FK001222.1|FK001222
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|193674875|gb|FK615671.1|FK615671
EST:     CACCAAATGGTCCTT-CCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|193501174|gb|FK465097.1|FK465097
EST:     CCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|207750860|gb|GD725247.1|GD725247
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGGCATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|192318393|gb|FK006513.1|FK006513
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298176328|gb|HO023029.1|HO023029
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|208274856|gb|GE067592.1|GE067592
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298163133|gb|HO011866.1|HO011866
EST:     CACCAAATGGTTCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|192294939|gb|FG986658.1|FG986658
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACCTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298181505|gb|HO022944.1|HO022944
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|192300195|gb|FG989317.1|FG989317
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|192318394|gb|FK006514.1|FK006514
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|6502390|gb|AW203763.1|AW203763
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|21887784|gb|BQ740997.1|BQ740997
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|151404275|gb|EV274085.1|EV274085
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298181440|gb|HO022879.1|HO022879
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298174387|gb|HO017723.1|HO017723
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|208081120|gb|GD880752.1|GD880752
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|208044355|gb|GD838861.1|GD838861
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|15287798|gb|BI471689.1|BI471689
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|15204507|gb|BI427275.1|BI427275
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
EST: gi|298179959|gb|HO025174.1|HO025174
EST:     CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACT                         ATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTCTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG
genomic: CACCAAATGGTCCTTCCCTTCTGCCCCTTCCGCCCCTGTCACTTGCAACTgtatgtcttt ... ctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatgcttattcattttaaaagataattaatatactgatttgctctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAGCT
                                 tactgat  putative branch site (score: 2)
                                       tttgctctttttgt  CT-rich tract
       ttattcattttaaaag  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccttacaatcctgttttcttttagatacaatgctatgaaaaatgctgtatgcttattcattttaaaagataattaatatactgatttgctctttttgtagATGGTTCTGTAATGCCTTCATGGTTTGACATTCTTGAGATTCCCGTGGCAGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT