1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cacttgattatatattattggatgtggcccttttgctaccttttctctcgtggactctctgttttcatcaattggcaagaattccctttcccttgtatagGTTCCGGTGGTTCCGCTACAAAGACCTGATGAGATGCATGTTCCAAGTTGTTCCTGGATGGAGACAACTTCAGGGTATGAAGATGTGTACCGCGAAGTAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G00990.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tctcgtggactctctgttttcatcaattggcaagaattccctttcccttgtatagGTTCCGGTGGTTCCGCTACAAAGACCTGATGAGATGCATGTTCCAAGTTGTTCCTGGATGGAGACAACTTCAGGGTATGAAGATGTGTACCGCGAAGTAG
ttccctttcccttgta CT-rich tract
ttttcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacttgattatatattattggatgtggcccttttgctaccttttctctcgtggactctctgttttcatcaattggcaagaattccctttcccttgtatagGTTCCGGTGGTTCCGCTACAAAGACCTGATGAGATGCATGTTCCAAGTTGTTCCTGGATGGAGACAACTTCAGGGTATGAAGATGTGTACCGCGAAGTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
cacttga
- - - - - - - - - -ggatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgctacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctttc