Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttttttccacaaagatatcttcttctttttttgacttggggttatgcctttgattatcttattctcatatcagatattccttaacttattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAAATGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G11790.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124882150|gb|EH961052.1|EH961052
EST:     CTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: CTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
EST: gi|124952256|gb|EL027542.1|EL027542
EST:     CCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: CCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
EST: gi|124990192|gb|EL062461.1|EL062461
EST:     TCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTG
genomic: TCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGGTCAGAATGGTTGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTG
EST: gi|125257866|gb|EL271951.1|EL271951
EST:     TGTGCAATAAG                         GTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA
genomic: TGTGCAATAAGgtttttttcc ... tattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgcctttgattatcttattctcatatcagatattccttaacttattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAAATGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAG
                                     ccttaac  putative branch site (score: 3)
       tttgattatcttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttttttccacaaagatatcttcttctttttttgacttggggttatgcctttgattatcttattctcatatcagatattccttaacttattatgcagGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGAGTTGTTAAGGAAATGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG