1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttcagattctcatggtttggtttggtgactttggtctcatgtgtttggttttcttttcttggattataacatgttgtgttgtatggacagGATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTGGCAATCTTTTGTATTGATACTCCTGAGAAACACTTTGCAAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G38760.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGAAACTTTTGTTGCTTACAAGAAGAATTATGGGGTCACAATTGATAAG GATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTGEST: gi|164119917|gb|ES058897.1|ES058897
genomic: GAGAAACTTTTGTTGCTTACAAGAAGAATTATGGGGTCACAATTGATAAGgttcagattc ... gtatggacagGATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTG
EST: GAGAAACTTTTGTTGCTTACAAGAAGAATTATGGGGTCACAATTGATAAG GATGTTGATGGATGTCCEST: gi|125023823|gb|EL096092.1|EL096092
genomic: GAGAAACTTTTGTTGCTTACAAGAAGAATTATGGGGTCACAATTGATAAGgttcagattc ... gtatggacagGATGTTGATGGATGTCC
EST: CACAATTGATAAG GATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTG
genomic: CACAATTGATAAGgttcagattc ... gtatggacagGATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTG
ctcatgtgtttggttttcttttcttggattataacatgttgtgttgtatggacagGATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTGGCAATCTTTTGTATTGATACTCCTGAGAAACACTTTGCAAAG
ttataac putative branch site (score: 2)
attataacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcagattctcatggtttggtttggtgactttggtctcatgtgtttggttttcttttcttggattataacatgttgtgttgtatggacagGATGTTGATGGATGTCCAGGAGATGCTGATCTGAGAAGTCTATTGAAGGTGGCAATCTTTTGTATTGATACTCCTGAGAAACACTTTGCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG