1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtgcgaaactatgaaactgatggtgtattctttataataacttcatcattctgtgtaattgtttaccattgcattttacatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATTAAGGAAGAACAGGGTCAGATAGCTGAAGCTGCAGATCTTATGCAAGAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G09900.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAG ATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATTEST: gi|116434451|gb|EG477043.1|EG477043
genomic: CTTATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAGgtgcgaaact ... acatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATT
EST: AAACTCGGATAGAGCTTATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAG ATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATTEST: gi|163974727|gb|ES084133.1|ES084133
genomic: AAACTCGGATAGAGCTTATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAGgtgcgaaact ... acatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATT
EST: ATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAG ATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATT
genomic: ATCAAGACGCTGAACAATGTATCTGCTGGAAAGgtgcgaaact ... acatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATT
tataataacttcatcattctgtgtaattgtttaccattgcattttacatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATTAAGGAAGAACAGGGTCAGATAGCTGAAGCTGCAGATCTTATGCAAGAAG
taataac putative branch site (score: 1)
attttacatgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcgaaactatgaaactgatggtgtattctttataataacttcatcattctgtgtaattgtttaccattgcattttacatgtatagATATATGTTGAAATCGAGAGGGCACGTCTCACCAAGAAACTTGCTAAGATTAAGGAAGAACAGGGTCAGATAGCTGAAGCTGCAGATCTTATGCAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG