Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttgcatggcacctgtcctgaaacaagtttcgtgctaacaagggaaattatcctttttcgtggcaccaatatctgttttccattcaatgatgta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G860137_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g02020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttgcatggcacctgtcctg--aaacaagtttcgtgct--aacaagggaaattatcctttttcgtggcaccaatatctgttttccattcaatgatgta
|||||| ||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |   |   |||   ||||| | |  | ||   |  |   ||   |||| |  |    | | |  || |  || |  ||||| || |   
TGATGGTGCTGCTGCAATCGTGCTAGTCAGTGGACAGAAAGCCAAGAGTCTTGGCCTTCAAGTTATTGCAAGGATCAGAGGGTATGCGGATGCTGCTCAGgtaactcttacatgacttgttatctgttgaacaattattttactgggattatcaaacaaatccatgctgaaaggaactttacccattatttattca-tgct---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442413|gb|DR823463.1|DR823463
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|71426142|gb|DR807192.1|DR807192
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|93281947|gb|EB674211.1|EB674211
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|211211417|gb|FL472067.1|FL472067
EST:     TTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|149110542|gb|EE294180.2|EE294180
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|110202377|gb|EC884274.1|EC884274
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|149107170|gb|EE189057.2|EE189057
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|71437289|gb|DR818339.1|DR818339
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|89760641|gb|DY688973.1|DY688973
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|71298332|gb|DR785147.1|DR785147
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|88748462|gb|DY532603.1|DY532603
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|6994169|gb|AW453383.1|AW453383
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|74232956|gb|DT640870.1|DT640870
EST:     TGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|6865254|gb|AW360604.1|AW360604
EST:     GCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCNCAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGNCAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: GCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
EST: gi|110939957|gb|EE160114.1|EE160114
EST:     TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAG                         GCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA
genomic: TTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 28

TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 151

TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 81

TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 44

TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttg ... gctaatgtagGCACCTGAGCTGTTTACGACAGCTCCAGCCCTTGCCATTCCAAAGGCTATATCAAATGCAGCTCTTCAAACTTCACAGATAGATTATTATGAAGTAAATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGGCGCTGCTGCAATTGTCCTTGTCAGTGGAGAGAAAGCCAAGAATCTTGGCCTTGAAGTTATTGCAAGGATTACAGGGTATGCTGATGCTGCACAGgtaactcttgcatggcacctgtcctgaaacaagtttcgtgctaacaagggaaattatcctttttcgtggcaccaatatctgttttccattcaatgatgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagggaaa