Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaaatcattcgttatctagtgcattttaaatttgagcaaaacctctggatgttgtcactaaatgttttggttcctttggtgaaatattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G848696_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G848696_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g39270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaaatcattcgttatctagtgcattttaaatttgagc---aaaacctctggatg-ttgtcactaaatg--ttttggttcctttggtgaaatattgcag
||||| ||||  || || || || ||||| ||||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || | ||    |    ||  | |    |   ||  | |       |  || | |||  || | | | ||||  || || |    ||||  ||||| |||||
TCAAGATTTTTCCTCGGTGACGTTGGCAAAGGTGCAGACATGAAGCTCGTTGTTAATATGGTCATGGGGAGgtaccaaagaagtccttcacattcaatattctagcaaccttactcctgtagtctgttgatacttattaatgaatgagttctgatcttcttggcaaaatactgcag

upper sequence: GRMZM5G848696_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: PP1S10_248V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 10
TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggca---caaaatcattcgttatctagtgcattttaaatttgagcaaaacctctgg-atgttgtcacta--aatgttttggt-tcctttggtgaaatattgcag
|| |  || || || || || |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||   |   | ||       |   || | ||||     | |     | |  | |||    | |||  ||||  ||||| | |   |  ||    ||          
TCCAAATTCTACCTCGGAGAAGTAGGCAATGGTGCGGCTATGAAGCTCGTGGTGAACATGGTTATGGGCAGgtcagattgccaagctgcaggaactcaaatgcaac--gagtacagtcgagtcttcttttgttttgcaactatgaatgtgtcgaaatgtttcaacgaggctcc----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32865374|gb|CF005056.1|CF005056
EST:     GTAGGCAATGGTGCAGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|211130363|gb|FL186937.1|FL186937
EST:     GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGCGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|50328686|gb|CO523812.1|CO523812
EST:     GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|78026971|gb|DV495358.1|DV495358
EST:     GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|211130364|gb|FL186938.1|FL186938
EST:     GTAGGCNATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|5398712|gb|AI812177.1|AI812177
EST:     GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|5439219|gb|AI820140.1|AI820140
EST:     GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT
EST: gi|32860181|gb|CD999862.1|CD999862
EST:     GTAGGCAATGGTGCAGCAATGAAGCTCGTGTTTAACATGGTCATGGGGAG                         CATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTG--AAAGTCGGTTT
genomic: GTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaa ... aatattgcagCATGATGGTTTCCTTCTCAGAAGGGTTGCTCCTGAGTGAAAAAGTCGGTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTGGTTAACATGGTCATGGGGAGgtggcacaaaatcattcgttatctagtgcattttaaatttgagcaaaacctctggatgttgtcactaaatgttttggttcctttggtgaaatattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC