1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TTCACTGAATATCAACTGTATACAGTACAGGAGACTAGATGGAACAATGTCTCTCAATTTAAGAGAAAAAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgttatgtttgttttttcatgcctttgtttcttttacagtttccagacatactaagaagattttttttttctttcttcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G449355_T02 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|211464822|gb|FL096445.1|FL096445
genomic: ACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: TGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|211469087|gb|FL060165.1|FL060165
genomic: TGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: AAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|211469088|gb|FL060166.1|FL060166
genomic: AAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: ACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|76911600|gb|DV164339.1|DV164339
genomic: ACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: CTCTCAATTTAAGAGNNNNNNNTGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|211469084|gb|FL060162.1|FL060162
genomic: CTCTCAATTTAAGAGAAAAAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: ACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATGEST: gi|30705746|gb|CD058902.1|CD058902
genomic: ACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
EST: CTCTCAATTTAAGAGNNNNNNNTGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAG GTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
genomic: CTCTCAATTTAAGAGAAAAAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgtt ... ctttcttcagGTTAGAGTTATGATTATGTCACTGAAAGCTGGTAATCTTGGTCTCAACATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCACTGAATATCAACTGTATACAGTACAGGAGACTAGATGGAACAATGTCTCTCAATTTAAGAGAAAAAAATGTGAAGGATTTTAACACTGACCCAGAGgtcatatgttatgtttgttttttcatgcctttgtttcttttacagtttccagacatactaagaagattttttttttctttcttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA