Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTAGGTTTCTTCCAAAACTTAACAATGAAATTCCAGATAAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttgacatggtctgaatccaaaatcgattgaattcttttgacctatcttaatatatgtatgtatgtatgtatgttatttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374779_T02
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374779_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g01150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
TTGTAGGTTTCTTCCAAAACTTAACAATGAAATTCCAGATAAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttgacatggtctgaatccaaaatc-gattgaattctt--ttgacct---atcttaatatatgtatgtatgtatgtatgttatttgcag------
|||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||| | ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||  | || |||||||| || | || |||  |      | |  ||||   ||| |  |  ||||   |   |  |    | ||   | |||    || |      |      
TTGTAGATTTCTTCCAAAGCTTAACAATGAGTTACCAGGTGAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGGTTTAGCAGCTTAGAGAATTTGGTATTAATCATGgtaagtttaatatagtccaaggttgtattttgattatgttcatgttcaacctccaagactgttggtagcatcggtttataagcgtcaacaattgtgttcc

upper sequence: GRMZM2G374779_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G41570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
TTGTAGGTTTCTTCCAAAACTTAACAATGAAATTCCAGATAAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaag----cttgacatggtctgaatccaaaatcgattgaattcttttgacctatctta--atatatgtatgtatgtatgta-tgttatttgcag---------
 ||||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| || || ||||||||    ||  |  |  | |      |  ||  || ||||  |  | |   || | |  |   | |  | ||| | |||| | ||||||             
CTGTAGATTTCTTCCAGTGCTTAACAATGAAATACCAGATAAGAGAAATTCTACTTACAAGGAAAGATTTAGTAGCTTGCAGAATTTGGTACTTATCATGgtaagtcctctaaatgtatttttgtgatattatgaatagaatattgctaattgatttcatgaggaaagcttatatatttgtaatcttattttatacattaacag

upper sequence: GRMZM2G374779_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv02s0488g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
TTGTAGGTTTCTTCCAAAACTTAACAATGAAATTCCAGATAAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttgacatggtctgaatcc------aaaatcgattgaattctt------ttgacctat---cttaatatatgtatgtatgtatgt---atgttatttgcag-------------------------------
 ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| | || ||| | || ||| | || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  |   | | |   |||      | ||     | | | ||       |||  || |   || ||| |||| | || |   |||   |   |||||  |                                
ATGTAGATTTCTACCAAAGCTTAATAATGAACTCCCTGATGAGAGGAATTCAACTTACAAGGAACGTTTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTTATCATGgtgagttgaaagagctttttctcccttgctataactctcttagtcctcagattattgttctctttactcaatttatgcaggtttagctgttcaagaatatttatatttgccaccttatcatattggtttctcaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32854010|gb|CD993691.1|CD993691
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|5740401|gb|AI948091.1|AI948091
EST:     ACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCCCGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: ACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|71426905|gb|DR807955.1|DR807955
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|40335885|gb|CK369955.1|CK369955
EST:     GAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: GAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|71763069|gb|DR961006.1|DR961006
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|33092681|gb|CF052675.1|CF052675
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|71311445|gb|DR792068.1|DR792068
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|24764991|gb|CA400152.1|CA400152
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|18175059|gb|BM350447.1|BM350447
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|91871940|gb|EB401897.1|EB401897
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|71331117|gb|DR802384.1|DR802384
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|60353728|gb|DN220701.1|DN220701
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|37387680|gb|CF631038.1|CF631038
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|17930445|gb|BM267405.1|BM267405
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|24768117|gb|CA403246.1|CA403246
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|71312843|gb|DR792950.1|DR792950
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|32934679|gb|CF039491.1|CF039491
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|76925921|gb|DV170650.1|DV170650
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|78544411|gb|DV621909.1|DV621909
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|60353563|gb|DN220536.1|DN220536
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|211181803|gb|FL472365.1|FL472365
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|32909020|gb|CF013832.1|CF013832
EST:     AGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: AGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|74241744|gb|DT649658.1|DT649658
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|84969821|gb|DW468238.1|DW468238
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|18167192|gb|BM337031.1|BM337031
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
EST: gi|20802390|gb|BQ293440.1|BQ293440
EST:     CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATG                         TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC
genomic: CCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttga ... ttatttgcagTTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTAGGTTTCTTCCAAAACTTAACAATGAAATTCCAGATAAAAGAAATGCCACCTACAAGGAAAGATTCAGTAGCTTAGAGAATTTGGTTCTGATTATGgtaagcttgacatggtctgaatccaaaatcgattgaattcttttgacctatcttaatatatgtatgtatgtatgtatgttatttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA