Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGTGAGCCCCTGACTGTCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttccactgcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactgtcagtgcactatatcaactatgccattcattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G165357_T02
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G165357_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
CGGTGAGCCCCTGACTGTCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttccact--gcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactg-----tcagtgcactatatca--acta-tgccattc-attgcag
 || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||  |  | | | ||| ||  ||  | | |||    ||   ||     ||| ||||  | ||||  |||  | |||||  | |||||
TGGCGAGCCCCTGACTGTTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcaccccttttgaaatgtca-ttaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18169307|gb|BM339147.1|BM339147
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|13562266|gb|BG550486.1|BG550486
EST:     CCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAG-TTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|13558126|gb|BG549482.1|BG549482
EST:     CCAGAGGCCAGGAACACTGTATTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGAGGCCAGGAACACAG-ACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32850602|gb|CD990283.1|CD990283
EST:     TCCAGAGGCTAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5525817|gb|AI861710.1|AI861710
EST:     TATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5871227|gb|AW017698.1|AW017698
EST:     GTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: GTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18168819|gb|BM338659.1|BM338659
EST:     AGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18172685|gb|BM348073.1|BM348073
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149070502|gb|EE158906.2|EE158906
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|71444249|gb|DR825299.1|DR825299
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|211023433|gb|FL440281.1|FL440281
EST:     AGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60394382|gb|DN227252.1|DN227252
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|6012581|gb|AW062018.1|AW062018
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACCCAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32848833|gb|CD988514.1|CD988514
EST:     AGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18164214|gb|BM334053.1|BM334053
EST:     TGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGAAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60342197|gb|DN209170.1|DN209170
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32864569|gb|CF004251.1|CF004251
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|71449952|gb|DR831002.1|DR831002
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|211225103|gb|FL464256.1|FL464256
EST:     AGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32850797|gb|CD990478.1|CD990478
EST:     TGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149082964|gb|EE172200.2|EE172200
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18166053|gb|BM335892.1|BM335892
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18171739|gb|BM341579.1|BM341579
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149065531|gb|EE286651.2|EE286651
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60339871|gb|DN206844.1|DN206844
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18173577|gb|BM348965.1|BM348965
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18176777|gb|BM351710.1|BM351710
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|45213764|gb|CK850000.1|CK850000
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5847454|gb|AW000533.1|AW000533
EST:     ACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: ACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC