Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATGATGGGCCAGGAGCAGTTTTGGTTAACATTTTGACCAGAATGAGGCATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctaccagattacatatatacatgcctaccgactccttgctgatggtttgttttattcgaggttgatgatttacccttgttttattttgccttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G145107_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G145107_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g58080.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
CAATGATGGGCCAGGAGCAGTTTTGGTTAACATTTTGACCAGAATGAGGCATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctaccagattacatatatacatgcctaccgactccttgctgatggt------ttgtttt---attcg-aggttgatgatttacccttgttttattttgccttgcag
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |  |||| ||| ||||  || |  || | ||||||| ||       ||||||   ||| | || |||||| | | |     | |  ||| || ||||||
CAATGATGGACCAGGAGCAGTTTTGGTGAATATTTTGACTAGCATGAGGCATCTACCTCCTGGAATGTACTCTGTTCTTCTAGTTATGGCTCTAACATGGgtatgctaccttaagacatctatgcatgtatatcagctgcatgctgattgtctcttactgttttggaatttgtagattgatggtgttcatccatatcgttt-gctttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89756976|gb|DY686775.1|DY686775
EST:     ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         TTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGGACGCGA
genomic: ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGG-ACGCGA
EST: gi|28361756|gb|CB240112.1|CB240112
EST:     ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         TTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
genomic: ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
EST: gi|29544421|gb|CB604801.1|CB604801
EST:     ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         TTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
genomic: ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
EST: gi|28361547|gb|CB239903.1|CB239903
EST:     TCTACCTCCTGGGATGCATCTCAG-GCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         TTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
genomic: TCTACCTCCTGGGATGCAT-TCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
EST: gi|19855127|gb|BQ060179.1|BQ060179
EST:     ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         TTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGG
genomic: ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGG
EST: gi|29544547|gb|CB604927.1|CB604927
EST:     ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAG-GCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGG                         CTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA
genomic: ATCTACCTCCTGGGATGCATTCAGTGCTTCTAGTTATGGCCCTAACATGGgtacgctacc ... tgccttgcagTTGTCATGGTTTCCCTTTTTCCTTTTTGACACTGACTGGATGGGACGCGAA