Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctattggatatctgttttttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143246_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g10050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctatt-ggatatctgttttttagtt-tcccaaatgaaagtctt--gttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag-------------------------------------
|||||||||||||| || || || || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |  || ||    || || ||||  | || |   | | | |||| |   | | ||||  |     |  |||||   | |  |  | |  | || ||   |||| |                                      
AGATTTGCCAAGGATCTGATCAACATACTAGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttt-tcacctatagtgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcag

upper sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA08G20670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctattggatatctgtttt-ttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag
|||||||| |||||||||||    || || || ||||||||||| || || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||  ||   |||   | || |    ||       |||| |  | |  ||  |    | ||  |   |  |   |  |||| |   | |      ||       
AGATTTGCTAAGGAACTTATAGCCATACTCGAGGAAGCTGGACAGAAAGTGAGTCCTGAATTAGCAGCAATGGGGCGTGGTGCACCACCTCCACCTTCAGgtcagttaact---ggaccccagtataaccagggcttacaatgtacatatcattttttggttccc--tacctcttctctcgattgtaagctgtgaagggttaccc---

upper sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA07G01260.2 (Glycine max), 5'ss of exon 9
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctattggatatctgtttt-ttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgc---cattgatttctgaatg-aattggattttttcccaattttttgcag------------------------------
                                        |||| || || ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    ||   | ||||     || |    ||       |||| |  | |  ||  |    | |   | |    |  ||| || ||||| |  | |      |       |                               
----------------------------------------GACAGAAAGTGAGTCCTGAATTAGCAGCAATGGGGCGTGGTGCACCTCCTCCACCTTCAGGTTTAGTTA--ACTGGACCCAAGTATAACCAGGGCTTACAATgtacatatcattttttggtttcgtacctcttctcttgattgtaattgtagctgtgaagggtcacgcatataatctaatacactcacctcacctagaagaa

upper sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA07G01260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctattggatatctgtttt-ttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag
|||||||| |||||||||||    || || || ||||||||||| || || ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    ||   | ||||     || |    ||       |||| |  | |  ||  |    | |   |   |  |   |  |||| | || |    |  | |     |
AGATTTGCAAAGGAACTTATAGCCATACTCGAGGAAGCTGGACAGAAAGTGAGTCCTGAATTAGCAGCAATGGGGCGTGGTGCACCTCCTCCACCTTCAGgtttagtta--actggacccaagtataaccagggcttacaatgtacatatcattttttggtttcg--tacctcttctcttgattgtaattgt----agctgtgaaggg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211074396|gb|FL183223.1|FL183223
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|78120998|gb|DV539382.1|DV539382
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|110193219|gb|EC875117.1|EC875117
EST:     CAGCTTTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|24768508|gb|CA403637.1|CA403637
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|78077832|gb|DV506261.1|DV506261
EST:     CAGTTCTGAATTAGCTGTTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|110200617|gb|EC882514.1|EC882514
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|86472665|gb|DY239035.1|DY239035
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|89250824|gb|DY622610.1|DY622610
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|4646584|gb|AI491385.2|AI491385
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|60350175|gb|DN217148.1|DN217148
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|32910886|gb|CF015698.1|CF015698
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211074397|gb|FL183224.1|FL183224
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|91053058|gb|EB163476.1|EB163476
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|78025496|gb|DV493883.1|DV493883
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|71774215|gb|DR972093.1|DR972093
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|18177031|gb|BM378241.1|BM378241
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTC-TCCATCTTCAG                         GTTACCG-GATAGATATAGGGGG-ATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|33091180|gb|CF051174.1|CF051174
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|24767383|gb|CA402526.1|CA402526
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|76287086|gb|DV026654.1|DV026654
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|5152766|gb|AI759064.1|AI759064
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|24764316|gb|CA399481.1|CA399481
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCCCCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|6671480|gb|AW282158.1|AW282158
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|149105514|gb|EE291039.2|EE291039
EST:     CAGCTTTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATTTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211071669|gb|FL183219.1|FL183219
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211074395|gb|FL183222.1|FL183222
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGYGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|8930468|gb|BE225232.1|BE225232
EST:     CAGCTTTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTTCCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|113691524|gb|DW841786.1|DW841786
EST:     CTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|9255412|gb|BE345880.1|BE345880
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|33942270|gb|CF348870.1|CF348870
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|60352200|gb|DN219173.1|DN219173
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|101382045|gb|EB813078.1|EB813078
EST:     CAGTTTTGAATTAGCTGTTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211074398|gb|FL183225.1|FL183225
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|37396781|gb|CF635684.1|CF635684
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|93017516|gb|EB643036.1|EB643036
EST:     CAGCTTTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211031786|gb|FL480600.1|FL480600
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
EST: gi|211074394|gb|FL183221.1|FL183221
EST:     CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAG                         GTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC
genomic: CAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 195

AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGACGTTCAAATGCTTAGTTGCTGCTAAGAGCAATGCTTTACGTTTGTTTGTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 144

AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGACGTTCAAATGCTTAGTTGCTGCTAAGAGCAATGCTTTACGTTTGTTTGTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 155

AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGACGTTCAAATGCTTAGTTGCTGCTAAGAGCAATGCTTTACGTTTGTTTGTT


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 153

AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgc ... ttttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGACGTTCAAATGCTTAGTTGCTGCTAAGAGCAATGCTTTACGTTTGTTTGTT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctattggatatctgttttttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC