Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatactagccttttcatctgttttatctttatccttgtaattattgtgcttttttctgcatgccagatttcacacttgccttattgttcaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133757_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G133757_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os11g13694.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatactagccttttcatctgttttatctttatcct-tgtaattattg------tgcttttttctgcatgccagatttcac--acttgccttattgttcaacag
|||||||| ||||||||||||||  | ||||| || || ||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||   | | ||||||| || | | || |||  || || | | |||||| |       |   ||| ||| |   | |  | | ||  || |||||| || ||  ||||
GACCTTGTGGAACATAATCCACTCGTTGCTGTTGAAGTCCTTTCAAAGTTAATCAACTCGCCTGACATGGATGCgtatgtagattagccttgtcgtttattctattgttttcttatttaattactaatttactatgtttctctactcacaacgtcttactcacatgcctttttctttgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395522|gb|EB819689.1|EB819689
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGTTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|74240368|gb|DT648282.1|DT648282
EST:     AGCTGTCGATGTTCTTTCAAAAGCTAAATCAACTCTCCGGACGGGGATGC                         ATACTTTGATGTTATTGTCCATATGGATATGAGGTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: AGCTGTCGATGTTCTTTC-AAAGCT-AATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|33095887|gb|CF055881.1|CF055881
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|74237045|gb|DT644959.1|DT644959
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|76289048|gb|DV028616.1|DV028616
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|60339490|gb|DN206463.1|DN206463
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|71443366|gb|DR824416.1|DR824416
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
EST: gi|60401226|gb|DN234033.1|DN234033
EST:     ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC                         ATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT
genomic: ATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGCgtacacatac ... tgttcaacagATACTTTGATGCTATTGTCCATATGGATATGAGCTTGCATTCAATGGAAGT