1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GCAATCCAATCATATCGAGCAGAGAGCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgctttctcatacctgctgcggccagcttcacacagatttggttgctcattttatgagtgtctcaatcacattgtactcaaacttgattactgaatttcacataaaaaactttcctaatcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G123624_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|28985206|gb|BQ539380.2|BQ539380
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|78545157|gb|DV622655.1|DV622655
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|32919380|gb|CF024192.1|CF024192
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|71768413|gb|DR966350.1|DR966350
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|60341099|gb|DN208072.1|DN208072
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|74239023|gb|DT646937.1|DT646937
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|211106266|gb|FL250478.1|FL250478
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|4610060|gb|AI600899.1|AI600899
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: ACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|6021751|gb|AW066679.1|AW066679
genomic: ACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|78074542|gb|DV502976.1|DV502976
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|76019273|gb|DT946443.1|DT946443
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|16916604|gb|BM072914.1|BM072914
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|60358710|gb|DN225683.1|DN225683
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|166483159|gb|EG165296.1|EG165296
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCEST: gi|211409238|gb|FL441029.1|FL441029
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGC
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|71765023|gb|DR962960.1|DR962960
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|78026827|gb|DV495214.1|DV495214
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|71756340|gb|DR954277.1|DR954277
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|149085094|gb|EE174601.2|EE174601
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|71328409|gb|DR800841.1|DR800841
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGGEST: gi|4624320|gb|AI615153.1|AI615153
genomic: GCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
EST: ACTACATAGTGGTCCGAAAG GTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
genomic: ACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgcttt ... tcctaatcagGTGTCGAACAATGGATGGGCCGAAGGTGAATGCAGGGGGAGAGCTGGCTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAATCCAATCATATCGAGCAGAGAGCGACACTGAGCTCAACCTTTCAGCTGGTGACTACATAGTGGTCCGAAAGgtagtgctttctcatacctgctgcggccagcttcacacagatttggttgctcattttatgagtgtctcaatcacattgtactcaaacttgattactgaatttcacataaaaaactttcctaatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG