1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ACAAGAAAAGGTGGTGAGTGAAAGATGGCTTCCGGAACTGAGAAATGCAGTTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaatagtagctttgatttaaatttctgtgcctatgcctttgtttgttcacccgatcatgatgtcaaacagtggggcaattggttatttgccatt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G116196_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|37394434|gb|CF634491.1|CF634491
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|67012513|gb|CO441262.1|CO441262
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGACCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|32943202|gb|CF048021.1|CF048021
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCGGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|76287604|gb|DV027172.1|DV027172
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|60398088|gb|DN230904.1|DN230904
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|213187212|gb|FM186892.1|FM186892
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|32809946|gb|CD962180.1|CD962180
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|213187163|gb|FM182883.1|FM182883
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|86474162|gb|DY240532.1|DY240532
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|94477850|gb|EB706808.1|EB706808
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACGEST: gi|32832662|gb|CD972340.1|CD972340
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTEST: gi|91878608|gb|EB408565.1|EB408565
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGT
EST: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTG GTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
genomic: TTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaat ... caacttccagGTTGATGAGTGGTACGAGCAGCCAGCCGCCACAATTGTGGATTGGGTAACG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACAAGAAAAGGTGGTGAGTGAAAGATGGCTTCCGGAACTGAGAAATGCAGTTCAAGAAGCTCGAAGGTGTTTTGATGACTGCCAGCGTGTTAGGGGTCTGgtaagcgaatagtagctttgatttaaatttctgtgcctatgcctttgtttgttcacccgatcatgatgtcaaacagtggggcaattggttatttgccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC