1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TTTCAAGATGCTGATGTCCTTAAACCAGACATACTTGCTCCTGGCAATCTCATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttgtatgtagatctctttttcctcaaggaagcacccatgtgattatcgccagcattttagttctgcgcttttgccgtccttttgcatattttgtggactagtgattcttgaggatatctttctgtgcttgaaccaattcaaaattgttgtggtaatattttcgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G099452_T02 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTGEST: gi|32835874|gb|CD975552.1|CD975552
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTGEST: gi|211288258|gb|FL396091.1|FL396091
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCACATTGEST: gi|149033083|gb|EE154985.2|EE154985
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTGEST: gi|31357749|gb|CD442106.1|CD442106
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTGEST: gi|211319661|gb|FL415870.1|FL415870
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCACATTGEST: gi|67029958|gb|CO458707.1|CO458707
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTGEST: gi|211102292|gb|FL386878.1|FL386878
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
EST: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTG GTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCACATTG
genomic: CATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttg ... attttcgcagGTGAAGGATTTGCAATGGTTTCTGGAACTAGCATGGCTGCGCCGCATATTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTCAAGATGCTGATGTCCTTAAACCAGACATACTTGCTCCTGGCAATCTCATATGGGCTGCATGGGCGCCTAATGGAACAGATGAATCAAATTATGCTGgtaagctttgtatgtagatctctttttcctcaaggaagcacccatgtgattatcgccagcattttagttctgcgcttttgccgtccttttgcatattttgtggactagtgattcttgaggatatctttctgtgcttgaaccaattcaaaattgttgtggtaatattttcgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG