Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccagctttacccgctcatcatagaatgtttaattatgtccaatatgctggacttaccatacattgtttccgcgaaggattaacggtcctgatattcttctttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G091119_T02
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9824806|gb|BE575113.1|BE575113
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAGCCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAGCCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|33094514|gb|CF054508.1|CF054508
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|84976897|gb|DW475319.1|DW475319
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCCAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|21626234|gb|BQ621155.1|BQ621155
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|5296219|gb|AI782899.1|AI782899
EST:     TGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: TGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|60345424|gb|DN212397.1|DN212397
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|78027618|gb|DV496005.1|DV496005
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|110541122|gb|EE045042.1|EE045042
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGGGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|148940730|gb|EC885549.2|EC885549
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|211481132|gb|FL127105.1|FL127105
EST:     AAAG-TGGCAACCCTCCTGGTGGGTGGTTTGA-CCTGCA-CTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAAC
genomic: CAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGG-TGGTTTGAACCT-CAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAAC
EST: gi|9794585|gb|BE552893.1|BE552893
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|211478266|gb|FL127103.1|FL127103
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|32945508|gb|CF050327.1|CF050327
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|166612094|gb|EG302047.1|EG302047
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACA
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACA
EST: gi|60348539|gb|DN215512.1|DN215512
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|110524409|gb|EE028593.1|EE028593
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|149036988|gb|EE155226.2|EE155226
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTTTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|33092427|gb|CF052421.1|CF052421
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|47961937|gb|CN844646.1|CN844646
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|148941286|gb|EC886187.2|EC886187
EST:     CCAAGGGGGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: CCAA-GGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|211478264|gb|FL127101.1|FL127101
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|78544064|gb|DV621562.1|DV621562
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|211478262|gb|FL127099.1|FL127099
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT
EST: gi|50326591|gb|CO521717.1|CO521717
EST:     GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAG                         TATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTGGAT
genomic: GCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 583

TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGATTCCATGTGGGATAATGGTTTGTGGTTGGTCCAGTAAATTCGAGATTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 200

TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGATTCCATGTGGGATAATGGTTTGTGGTTGGTCCAGTAAATTCGAGATTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 352

TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGATTCCATGTGGGATAATGGTTTGTGGTTGGTCCAGTAAATTCGAGATTTCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 264

TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccag ... ttctttgcagTATTTGACCAAAAGGGTGTTAATTCCCTCATGACAACCTAGTCTGGTCGATTCCATGTGGGATAATGGTTTGTGGTTGGTCCAGTAAATTCGAGATTTCA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGCAATGGCTACTGCTGGGGAAGCTGCTCCTGCTGTTTTTGACTTTAGCCAAGGTGGCAACCCTCCTGGTGGTGGTTTGAACCTCAACTGAATACAGgtgctcccagctttacccgctcatcatagaatgtttaattatgtccaatatgctggacttaccatacattgtttccgcgaaggattaacggtcctgatattcttctttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG