1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
TTCACGGGTAGCAGAGAAATTGGCTGCTGATTTGAAAGGCCGAGTTAAATTGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaataaatag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G090087_T02 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|211228708|gb|FL216926.1|FL216926
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|67019711|gb|CO448460.1|CO448460
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|33101148|gb|CF061108.1|CF061108
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|67026280|gb|CO455029.1|CO455029
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|67024223|gb|CO452972.1|CO452972
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|211228710|gb|FL216928.1|FL216928
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|24773212|gb|CA408466.1|CA408466
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|32846970|gb|CD986651.1|CD986651
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTEST: gi|211228712|gb|FL216930.1|FL216930
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCACGGGTAGCAGAGAAATTGGCTGCTGATTTGAAAGGCCGAGTTAAATTGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaataaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG