ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgccagtcttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctggctaattatatttgttttggtag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G079538_T01
intron #	9
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os04g32330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgccagtcttaggcgttgcaaag------cttttgcaccatactttta--------tgtggctggctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||  |   |||  |       || ||||    || |||||        |       |||  ||  ||||| ||||  ||
GACTAATTTGATGAAGCTGCGGTCTGATTATAAGGATGAGTTTGTCACCAAGCACGGTGTCAAATTGGGTCTGATGTCCTGCTTTGTCAAGgtactgaccaatcttgtgtactgctgaagctgaactattgcttggtaattttactaatatattcaatgtgctcgttccatttgctttgtcag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA02G46200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtat--ttgccagtcttaggcgt-tgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctg-gctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  || | | |    |   | |  |     |  ||    | |||| || |       ||  ||||  |     || |||
GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttctaattactgaaatataaactagctgggctttctcctttgatttcctcatactttttatggtctccatgttag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA14G02530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtat--ttgccagt--cttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctg---gctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  || | | |  || | |  | |   ||||       |    ||| || |         ||  ||||  |     || |||
GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTGAAAgtatgttttctaattactgaagtatagactagctgggttttctctttttgatatcctcatacactttttatggtctccatgttag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv19s0090g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca-gtcttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctggctaattatatttgttttggtag----------
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||| || ||  |  |||||||  | ||||| ||||||     || ||| ||   |||| ||    ||||| |  |  || ||  |   |       ||||| |||||| |||           
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGCATTTTTTGAAAAGCATGGTGTGAAGTTAAGATTTATGTCAGGGTTTGTTAAGgtaagcagcatgtcctaaatgttgaaa----tttgctcagtgtttgtagtttaatttaaggatatatatgtttttgtattatattgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211104575|gb|FL031921.1|FL031921

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|31358903|gb|CD443260.1|CD443260

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|211169880|gb|FL077609.1|FL077609

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|32830086|gb|CD969764.1|CD969764

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|13558100|gb|BG549456.1|BG549456

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|32942914|gb|CF047733.1|CF047733

EST:     TGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGG-TCCTCATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTT-ATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|60358853|gb|DN225826.1|DN225826

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|6227238|gb|AW155837.1|AW155837

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|32829046|gb|CD968724.1|CD968724

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|32828877|gb|CD968555.1|CD968555

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|211169873|gb|FL077602.1|FL077602

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|13558537|gb|BG549893.1|BG549893

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|32867030|gb|CF006712.1|CF006712

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

EST: gi|67019048|gb|CO447797.1|CO447797

EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 296

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGATGGTGATGACATCATATACAGAGACTACGTAGACATCAGTGTTGCTGTTG

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 510

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 440