Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttgattccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077299_T03
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os12g03470.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatagaggcataagaaccttcacaatttttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||| | |||  || |||   | || | |    |||||||         |     |  |   || |||    ||  ||| ||   ||  
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCAATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactccctggtttattttctgttaagtcagatgcaccttgattcgctaaattgtttccactttaaaatttacctgcaacatcctagctat-

upper sequence: GRMZM2G077299_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os11g03730.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttga-ttccatagttatttatctagcaggttaaacattccttgatatag-aggcataagaaccttcacaattt--ttaaagcttcatactttgtaca
|| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||  || ||  || |||  ||||| | |    ||||||| |   |   |       ||| | ||||    |  | | || ||  |      
GAATCAGCCATAATGATGAAGTTGATACTGCTGCGATTGCTCCTTTTGTAAAAgtatgttctgaactctctattttattttctgtcaggtcagatgcaccttgatttgttaaatagtttccactttagaattcacctgtaacgtcctagctat----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32847594|gb|CD987275.1|CD987275
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|12045517|gb|BF727656.1|BF727656
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCATGGTTTAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846175|gb|CD985856.1|CD985856
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGGCAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|6095297|gb|AW119964.1|AW119964
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211082959|gb|FL420012.1|FL420012
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32865761|gb|CF005443.1|CF005443
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|78179997|gb|DV550370.1|DV550370
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|211043015|gb|FL421679.1|FL421679
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846927|gb|CD986608.1|CD986608
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32835529|gb|CD975207.1|CD975207
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|71441725|gb|DR822775.1|DR822775
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
EST: gi|32846588|gb|CD986269.1|CD986269
EST:     TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAG                         GATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG
genomic: TCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 62

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGGGGCTCTGTTAGGGCTGCAATGGGCCACCCTGAACCATTCCCAGTGAAAT


Block sizes: 44 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 108

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGGGGCTCTGTTAGGGCTGCAATGGGCCACCCTGAACCATTCCCAGTGAAAT


Block sizes: 42 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 70

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGGGGCTCTGTTAGGGCTGCAATGGGCCACCCTGAACCATTCCCAGTGAAAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 1475

GAGTCAGCCACAATGATGAAGTTGATACTGTTGCTATTGCTCCTTTTGTAAAGgtatgttttg ... ctttctacagGATGTATTGGACAGTATAGAATTTGCAAGGGGGAGTGCAAATTCAACATGGGGCTCTGTTAGGGCTGCAATGGGCCACCCTGAACCATTCCCAGTGAAAT