Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtgcacactgctgtctgcttgtgttattgttttgaccaattaaatctacaatttatctgaacaaattgatgctaatgtctccctattctaaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtgcacactgctgtctgcttgtgttattgttttgaccaattaaatctacaatttatctgaacaaattgatgctaa--tgtctccctattctaaaa
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   || || | |||||||||| | |  |   | || |||  |  |||  ||||||||| |  ||||||     | ||  ||  |||      ||    ||   | | ||||| |||| |  
GTGCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCTCTATCAAAGGAATTGGCTAGTCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgcaattgtctcttctggtttattgcattattgttt-gctcaattagtaaaaaaacctagatgagttttatgtcattatcttatttcccttttcttag-

upper sequence: GRMZM2G063851_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtgcacactgctgtctgcttgtgttattgttttgaccaattaaatctacaatttatctgaacaaattgatgctaatgtctccctattctaaaa
|| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || | || || | |||||||||| | || |   | ||| ||  |  ||   |||||| || ||  | ||  |  |     | || |   |   ||  |   | |       ||  |  | |
GTGCCAACCAAAGAGCAAGTCGATGCTCTATCAAAGGAATTGGTTACCCGTTCGAGTGTTCCAGgtctgctattgtctctgttggtttattacattattgcttagatgagtttcacatcattatcatattttctgtttcttaaaagttcaaatatagacagata
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51592469|gb|CV071615.1|CV071615
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211131287|gb|FL186946.1|FL186946
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|149084983|gb|EE174493.2|EE174493
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|21480820|gb|BQ577503.1|BQ577503
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|67013663|gb|CO442412.1|CO442412
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATNCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211131286|gb|FL186945.1|FL186945
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|149100799|gb|EE186893.2|EE186893
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     GCAAGGTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|149014218|gb|EE043773.2|EE043773
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211510240|gb|FL228187.1|FL228187
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|149105261|gb|EE290752.2|EE290752
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|148991806|gb|EE033387.2|EE033387
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|148931316|gb|EC874179.2|EC874179
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|78087725|gb|DV516118.1|DV516118
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|148990704|gb|EE032108.2|EE032108
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCCACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|71771089|gb|DR969026.1|DR969026
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|148939431|gb|EC883987.2|EC883987
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|67040702|gb|CO466957.1|CO466957
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|89758059|gb|DY687401.1|DY687401
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|149082974|gb|EE172211.2|EE172211
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211510238|gb|FL228185.1|FL228185
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCCGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|74035022|gb|DT535512.1|DT535512
EST:     AGTTGATGCACTATCAAAGGAAATTGCTTTGCGCGCTCAACTGGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAG
genomic: AGTTGATGCACTATCAAAGGAA-TTGCTT-GCGCGCTCAACTG-TTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 71

GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 391

GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 316

GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 289

GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCCAACCAAAGAGCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtgcacactgctgtctgcttgtgttattgttttgaccaattaaatctacaatttatctgaacaaattgatgctaatgtctccctattctaaaa

- - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA