Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcctcgtatatcttgtttgtccttttctttttgtagtgtcaaagtatcataatttgatatcttttgttgttccttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G048371_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G048371_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcctcgtatatcttgtttgtccttttctttttgtagtgtcaaagtatcataatttgatatcttttgttgttccttacag
||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| | ||   || | | || | ||   |||||||    | |   ||||     |   || || ||   |||| |    |  |||||
GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattctttcatct-tcattttaaaccttttccccatcttacgtca-----ttgaaaattaattaattttat----ctgtacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67016579|gb|CO445328.1|CO445328
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|6021395|gb|AW066323.1|AW066323
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67011307|gb|CO440056.1|CO440056
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|211377302|gb|FL186755.1|FL186755
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|61118137|gb|DN559098.1|DN559098
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|211377303|gb|FL186756.1|FL186756
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCAGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCC-GTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGA
EST: gi|32826370|gb|CD966048.1|CD966048
EST:     TAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: TAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|76294188|gb|DV033756.1|DV033756
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67024050|gb|CO452799.1|CO452799
EST:     ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCCTGAAG                         TCCGTT-TCAAAAAGAA-TATGGGCAAGATGC-ACGAATGTTGGTGACGA
genomic: ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACC-TGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGA
EST: gi|211425250|gb|FL005768.1|FL005768
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31354997|gb|CD439354.1|CD439354
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67026276|gb|CO455025.1|CO455025
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67023203|gb|CO451952.1|CO451952
EST:     ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAAGTT-ATCACCACCTGAAG                         CCCGT-ATCAAAAAGA-GTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAA-GTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|5268740|gb|AI770704.1|AI770704
EST:     GGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: GGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67011056|gb|CO439805.1|CO439805
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31353433|gb|CD437790.1|CD437790
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31359544|gb|CD443901.1|CD443901
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGA
EST: gi|31353535|gb|CD437892.1|CD437892
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67022401|gb|CO451150.1|CO451150
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|213179295|gb|FM184302.1|FM184302
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67018108|gb|CO446857.1|CO446857
EST:     GTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAA-TATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: GTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31361447|gb|CD445804.1|CD445804
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|21987719|gb|BQ779247.1|BQ779247
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67011708|gb|CO440457.1|CO440457
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|20301520|gb|BQ164463.1|BQ164463
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAG
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAG
EST: gi|67030419|gb|CO459168.1|CO459168
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|76281562|gb|DV021130.1|DV021130
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67010780|gb|CO439529.1|CO439529
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCTTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67040510|gb|CO466765.1|CO466765
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|211131238|gb|FL066390.1|FL066390
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCA-GATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67021372|gb|CO450121.1|CO450121
EST:     ATTTAAG-AGGCTATGAAGATGGGTNGT-GAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTTTCAAAAAGA-GTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGT-GTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|74234275|gb|DT642189.1|DT642189
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|14204058|gb|BG837735.1|BG837735
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|33094991|gb|CF054985.1|CF054985
EST:     GGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: GGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|32915417|gb|CF020229.1|CF020229
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|29577151|gb|CB617263.1|CB617263
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31351690|gb|CD436047.1|CD436047
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67015783|gb|CO444532.1|CO444532
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|211435191|gb|FK988701.1|FK988701
EST:     TTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGGTGTTGAAGTTTATCACCANCCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGGACG
genomic: TTTAAGGAGGCTATGAAGATGGG-TGTTGAAGTTTATCACCA-CCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTG-ACG
EST: gi|67016494|gb|CO445243.1|CO445243
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67015750|gb|CO444499.1|CO444499
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|60355296|gb|DN222269.1|DN222269
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|13558380|gb|BG549736.1|BG549736
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAAT
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAAT
EST: gi|67023954|gb|CO452703.1|CO452703
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|6564073|gb|AW231695.1|AW231695
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAG
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAG
EST: gi|21843176|gb|BQ703742.1|BQ703742
EST:     CATTT-TGGAGGCTATGAAGATGGG-GTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGG-GACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31349581|gb|CD433938.1|CD433938
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|14204206|gb|BG837883.1|BG837883
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTG-TGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31358035|gb|CD442392.1|CD442392
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCA
EST: gi|84980804|gb|DW531153.1|DW531153
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|31350995|gb|CD435352.1|CD435352
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|32864127|gb|CF003809.1|CF003809
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|211377301|gb|FL186754.1|FL186754
EST:     CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG                         TCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
genomic: CATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGAA
EST: gi|67038520|gb|CO464838.1|CO464838
EST:     ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCCTGAAG                         TC-GTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGA
genomic: ATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACC-TGAAGgcatttgcct ... ttccttacagTCCGTTATCAAAAAGAAGTATGGGCAAGATGCCACGAATGTTGGTGACGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcctcgtatatcttgtttgtccttttctttttgtagtgtcaaagtatcataatttgatatcttttgttgttccttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG