Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttggagctagcgttaatatgaggttagagtgtttatgtgcaccaagaactaacattctgcattctaggaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038588_T02
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038588_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g12570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttggagctagcgttaatatgaggt--tagagtgtttatgtgcaccaagaactaacattctgcattctaggaag--
|||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||  ||    | | |     | ||  | ||       | |  ||  |    |||| ||||| |       |||        
CAATGTTGCCGGATTCATCCACGTGACAGATGTTGACATCCAAAGgtacccccaacaaccaagaaaactagcatgtacctttttatggattcgtggtaagacctaacttaacatgctctcatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71323423|gb|DR798362.1|DR798362
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71323423|gb|DR798362.1|DR798362
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148999969|gb|EE037044.2|EE037044
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148999969|gb|EE037044.2|EE037044
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149010086|gb|EE041893.2|EE041893
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149010086|gb|EE041893.2|EE041893
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211229043|gb|FL456610.1|FL456610
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGGAAG                      
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCC--A--AAGgtatgccttg ... ttctagg
EST: gi|50338769|gb|CO533895.1|CO533895
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338769|gb|CO533895.1|CO533895
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|31405753|gb|CD484485.1|CD484485
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|31405753|gb|CD484485.1|CD484485
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338323|gb|CO533449.1|CO533449
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|50338323|gb|CO533449.1|CO533449
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71763129|gb|DR961066.1|DR961066
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71763129|gb|DR961066.1|DR961066
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71324526|gb|DR798964.1|DR798964
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71324526|gb|DR798964.1|DR798964
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471476|gb|DY237846.1|DY237846
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471476|gb|DY237846.1|DY237846
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|93014406|gb|EB639926.1|EB639926
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|93014406|gb|EB639926.1|EB639926
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|110518920|gb|EE023507.1|EE023507
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|110518920|gb|EE023507.1|EE023507
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149073620|gb|EE161922.2|EE161922
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149073620|gb|EE161922.2|EE161922
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148965176|gb|EE015985.2|EE015985
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|148965176|gb|EE015985.2|EE015985
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78075700|gb|DV504134.1|DV504134
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78075700|gb|DV504134.1|DV504134
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|149034778|gb|EE155078.2|EE155078
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         AAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTG
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaagAAGCTGACGTACATTGCACCTTGCCCGGGGGACTTGCCAAGCAGGTTGTTG
EST: gi|60401015|gb|DN233822.1|DN233822
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|60401015|gb|DN233822.1|DN233822
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78081105|gb|DV509517.1|DV509517
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78081105|gb|DV509517.1|DV509517
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71756919|gb|DR954856.1|DR954856
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|71756919|gb|DR954856.1|DR954856
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211013387|gb|FL466952.1|FL466952
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|211013387|gb|FL466952.1|FL466952
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78122373|gb|DV540757.1|DV540757
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTTCTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|78122373|gb|DV540757.1|DV540757
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTTCTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471665|gb|DY238035.1|DY238035
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-
EST: gi|86471665|gb|DY238035.1|DY238035
EST:     CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAG                         G
genomic: CAATGTTGCCGGATTCATTCATGTTACTGATGTTGACATCCAAAGgtatgccttg ... ttctaggaag-