1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
AGGAACTGATATGACAAGTCCACATGGTATACCGGTGGATCTTCTAGATAGGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttacttatttggggcgttatttctatctgttgtttttcctgtgcagaattttcattaatctttgtttgctgccctttacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G018697_T02 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAEST: gi|149086326|gb|EE175867.2|EE175867
genomic: TTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAA
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|60340836|gb|DN207809.1|DN207809
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|22490622|gb|BU050545.1|BU050545
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|61118430|gb|DN559391.1|DN559391
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGTTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATACAGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|87152471|gb|DY397260.1|DY397260
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|50328442|gb|CO523568.1|CO523568
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: ATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|166632570|gb|EG258740.1|EG258740
genomic: ATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: ATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGAEST: gi|61118429|gb|DN559390.1|DN559390
genomic: ATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGA
EST: GGTTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATACTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|166614176|gb|EG305865.1|EG305865
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: TTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|31612365|gb|CD568987.1|CD568987
genomic: TTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGTEST: gi|31612366|gb|CD568988.1|CD568988
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAEST: gi|213174323|gb|FM191608.1|FM191608
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAA
EST: GGTTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATNNGAGCACAAGTGGAGGACATTGATATGGATEST: gi|149051700|gb|EE155813.2|EE155813
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGAT
EST: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAG ATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
genomic: GGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttactt ... ccctttacagATATTGGCTATCCGAGCACAAGTGGAGGAGATTGATATGGATGAAGAAAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGAACTGATATGACAAGTCCACATGGTATACCGGTGGATCTTCTAGATAGGCTGGTGATTATTCGGACAGAGACATATGGCCCTACTGAGATGATACAGgttcttacttatttggggcgttatttctatctgttgtttttcctgtgcagaattttcattaatctttgtttgctgccctttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG