Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttgttttcagtcatgcatccattttatcaaaggtgcttcgtgtgtggttgtaacaatttaaccttgtttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014136_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os06g24704.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattg---ttgttttcagtcatgcatccattt-tatcaaaggtgcttcgtgtgtgg-----ttgtaacaatttaaccttgtttag
 || |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||    || || |  |||||   |  |||| |  |||||||  ||  ||  | |     || |||| |||||||||| || ||
TGGCCAAGGTTTGAAGACAGAGAATCGCATAGGAATTTTCAAAGCTGAATTTGATGTCCAGTCTACATTTGAGGGCGACAATAATGTTCTAATGCAGCAGgttattttgcttattgtttgtcatctttgtatttctcccaaaggtattttatgcttagattaattttaactatttaacctt-ttcag

upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA12G14060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttgttttcagtcatgcatccattttatcaaaggtgcttcgtgtgtggttgtaacaatttaaccttgtttag-----------------------
||| |||||  | ||  |||| || ||  | || | |||||    |||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |     || ||| || ||  ||  | |||   | |     |  |       || | | | |  ||||| |   |                        
AGGACAAGGAGTTAAATCTGAAAATCGTGTTGGCAATTTCATGGGTGAATTTGATGTGCATTCGACATTTGAGGGGGACAACAATGTTCTAATGCAGCAGgtaaaatgagtattctgttatatatgaaatttga-ataataattaagcacaacatttttaaattcaaacctaggagacatgatgagctgattgcaaagcat

upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA06G43840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttgttttcagtcatgcatccattttatcaaaggtgcttcgtgtgtggttgtaacaatttaaccttgtttag-----------------------
||| |||||  | ||  |||| || ||  | || | |||||    |||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| |      | ||| || |   ||  | |||   | |     |  |       || | | | |  |||||||   |                        
AGGACAAGGAGTTAAATCTGAAAATCGTGTTGGCAATTTCATGGGTGAATTTGATGTGCATTCGACATTTGAGGGGGACAACAATGTTCTGATGCAGCAGgtaaaatgaatattctgttaaatatgaaatttga-ataataattaagcacaacatttttaaattcaaaccttggagacatgatgagctgattgcagagcat

upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT1G06290.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttgttttcagtcatgcatccattttatcaaaggtgcttcgtgtgtggttgtaacaatttaaccttgtttag----------------
||| |||||| | || || || || |   | ||    || |||  |||||||||||| ||| | |||||||||||||| || |||||  | ||||||||||| |  |     ||   |  || ||     | |||||   ||     |     ||| | || ||  ||  ||  ||                  
AGGGCAAGGTGTGAAAACAGAAAATCTAGTTGGTCAGTTGAAAGGTGAATTTGATGTGCAGACTACATTTGAGGGTGACAATAATGTATTGATGCAGCAGgtaagcggcacatt--attgtg-atttgcatgatcaatactgtaaatttccctgttttgaccatacaattttactttaccgttggggaatttag

upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv12s0028g02660.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttgttt-tcagtc--------atgcatccattttatcaaaggtg-cttcgtgtgtggttgtaacaatttaaccttgtttag-------------
 || |||||  | |||||||| || || || ||     | |||  ||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||   | | | |||||         ||| |  |   |   ||| |  | |  |  || || |   |   || |  |  ||| ||              
GGGGCAAGGCTTGAAGACTGAAAATCGGATTGGGCAAATGAAAGGTGAATATGATGTGCAATCCACATTTGAGGGTGACAACAACGTTCTGATGCAACAGgtaatgtctatatatcagtttctttatgatgaactctcatgtacaaggacggcaacacgt-tgatgacacagatatggcaatgtctaacatggtcacctca

upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: PP1S37_122V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgt----tattgttgttttcagtcatgcatccattttat----caaaggtgcttcgtgtgtggttgtaacaatt--taaccttgtttag--------------------------------------
||| || ||| | |||||||| |||||  | ||     | ||| |||| | |||||| || |  || || || ||||| |||||||||||||||||||||||    | ||       | | | | | | | | | | |     | |  | |    |      |  | ||  ||  |||     || ||                                      
AGGCCAGGGTTTGAAGACTGATAACCGGGTGGGGCAGCTAAAAGCTGAGTATGATGTTCAATTGACGTTCGAAGGTGACAACAATGTGCTAATGCAGCAGgtctggtttttcaaacctaaattaaggaccaagtatgtgacttagaattacactattatgaatcatgacttttgttaattaaattgagatataaagagtgttaaactggtgtctttcgtttctcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213191931|gb|FM185346.1|FM185346
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922953|gb|CF027765.1|CF027765
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922640|gb|CF027452.1|CF027452
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32923445|gb|CF028257.1|CF028257
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATACCAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32921856|gb|CF026668.1|CF026668
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32920309|gb|CF025121.1|CF025121
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922125|gb|CF026937.1|CF026937
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32923051|gb|CF027863.1|CF027863
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|31356814|gb|CD441171.1|CD441171
EST:     GTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: GTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|61119686|gb|DN560647.1|DN560647
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32921929|gb|CF026741.1|CF026741
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAACAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922523|gb|CF027335.1|CF027335
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922152|gb|CF026964.1|CF026964
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGTAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32923374|gb|CF028186.1|CF028186
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922298|gb|CF027110.1|CF027110
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
EST: gi|32922304|gb|CF027116.1|CF027116
EST:     TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAG                         GTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG
genomic: TTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 99

AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAGCCATTCAAGGGATTGGGTTTGGAACACTTAAATGGCTCGAGCCCTGTTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 371

AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAGCCATTCAAGGGATTGGGTTTGGAACACTTAAATGGCTCGAGCCCTGTTA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 457

AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAGCCATTCAAGGGATTGGGTTTGGAACACTTAAATGGCTCGAGCCCTGTTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

AGGTCAAGGTCTAAAGACTGAGAACCGCATAGGAATTTTCAAATCTGAATTTGATGTCCAGTCCACATTTGAGGGTGATAACAATGTGCTAATGCAGCAGgttattgttg ... ccttgtttagGTAAGCAAAGCGCTTTATGCTGAATTTTTGGGTGCACAAAAGAAGCAGCAGCCATTCAAGGGATTGGGTTTGGAACACTTAAATGGCTCGAGCCCTGTTA