Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgtgcaccgctaagcttctggtcctggctcgcacgaatctaaaatctttgcgcataacgtttggactaattgcaattccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G001713_T01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G001713_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgtgcaccgctaagcttctggtcctggctcgcacgaatctaaaatctttgcgcataacgt-ttggactaat------tgcaattc-cag
|| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||| ||||  ||||   | || |   ||     |    | |  ||| | |  ||||  |   |    | || |||| ||      | |||||  |||
TATATTCTGAAGGTTGGTGAAGGAGCTGCTGCCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCCATGGACATCCCTCCTCCCCGTGGTCCTCTCTGgt-aaactatgcatttccaaacccttgaattagcagtgaaataatttcacttcttgtcatttttgatctttgactgatgcaccctacaatttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31361595|gb|CD445952.1|CD445952
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|6859877|gb|AW355871.1|AW355871
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|5055878|gb|AI734765.1|AI734765
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|60350441|gb|DN217414.1|DN217414
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|113701512|gb|EE679016.1|EE679016
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|110191302|gb|EC873200.1|EC873200
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTGTACCACACCGTCTTCGATTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|213188449|gb|FM186315.1|FM186315
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|4776420|gb|AI665423.1|AI665423
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|50338071|gb|CO533197.1|CO533197
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|6918711|gb|AW400241.1|AW400241
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|7216339|gb|AW562461.1|AW562461
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACCCCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|33096061|gb|CF056055.1|CF056055
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|60350240|gb|DN217213.1|DN217213
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|6095472|gb|AW120139.1|AW120139
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGNGGCCCTCTNTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|78027418|gb|DV495805.1|DV495805
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|29544922|gb|CB605530.1|CB605530
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACNCCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|9953067|gb|BE639650.1|BE639650
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTAGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|9953068|gb|BE639651.1|BE639651
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|37380362|gb|CF626989.1|CF626989
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATTGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|7135536|gb|AW498135.1|AW498135
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|5871297|gb|AW017768.1|AW017768
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|4804596|gb|AI665619.2|AI665619
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|60340607|gb|DN207580.1|DN207580
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|32866018|gb|CF005700.1|CF005700
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|5929089|gb|AW056381.1|AW056381
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|6194690|gb|AW146794.1|AW146794
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|5901453|gb|AW042553.1|AW042553
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|31406139|gb|CD484871.1|CD484871
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTATG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|76914573|gb|DV165578.1|DV165578
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|37378759|gb|CF626087.1|CF626087
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|17931949|gb|BM268909.1|BM268909
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|60396479|gb|DN229348.1|DN229348
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|16925379|gb|BM078447.1|BM078447
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|78026300|gb|DV494687.1|DV494687
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|5456136|gb|AI833826.1|AI833826
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG
EST: gi|78180188|gb|DV550561.1|DV550561
EST:     ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTG                         GATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGACTATGG
genomic: ATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 875

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTCTGGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 1679

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTCTGGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 1047

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTCTGGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 761

TACATTCTGAAGGTTGGTGAAGGACAGGCTGCCCAGTGCATCAGCGGATTCACAGCTATGGATATCCCACCACCCCGTGGCCCTCTCTGgttaaaccgt ... gcaattccagGATCTTGGGTGATGTTTTCATGGGAGTCTACCACACCGTCTTCGATTATGGCAAGCTGAGGGTTGGCTTCGCAGAGTCGGCCTAGGGATATGGTCTGGCA