Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAAGTTGGATCTCGCAAAAATGCTAGTTGCTTACCAGGGATGGTGCTGAATTTGAAAAAGGCAGTATCGTACCCCAACCATCTTGGCTTTGAGTGTAGgtacttcctttccagtaattcaccttaaacttccaatctttttttatatgcccaacggtaacccttgggtttttggtagtggatgcttagggttaggctt...

Basic information

species Zea mays
transcript AC197705.4_FGT011
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AC197705.4_FGT011 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g39230.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGGAAGTTGGATCTCGCAAAAATGCTAGTTGCTTACCAGGGATGGTGCTGAATTTGAAAAAGGCAGTATCGTACCCCAACCATCTTGGCTTTGAGTGTAGgtacttcctttccagtaa-ttcaccttaaacttccaatctttttttatatgcccaacggtaacccttgggtttttg-gtagtggatgcttagggttaggctt
|||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||    | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||   ||  | |  ||| || |    | |     |  ||  |||   |||    |    || |    || 
AGGAAGTTGGTTCGCGCAAAAATGCTAGCTGTTTACCCGGAATGGTGCTAAATTTGAAAAAAGCTGTGTCATACTTGGATCATCTGGGCTTTGAGTGTAGgtacttgctttccaataaattcactttagacttctggtccatct--ataagcaccgttgcattttatttgtacttgtacagtttgggtcatggttcttacta