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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCGGATTCATTTTCACATGGTTTGCTGCTTTGCCCCTAATATTGTTCTTAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttggtcgtgccatccattgttctttatgacagagaatgtatattgaagtagaagggaaactgatgattttatttttctggggatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G896082_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G896082_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g64020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTCGGATTCATTTTCACATGGTTTGCTGCTTTGCCCCTAATATTGTTCTTAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatg--tgttggtcgtgccatccattgt-----tctttatgacagagaatgtatattgaagtaga----------agggaaactgatgattttatttttctggggatcag-
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TTTCGGTTTCATTTTCACATGGTTTGCTGCTTTGCCTCTAATATTGTTCATAGCACAGTCGATAACTAATGCCATAGTGAACGACTTCTTAATCCTCAAGgtattatttttagtctcctctctgcttgtctgcttttttgcattagacattagacatcaaatatgattatttgttcaagtgaagtgatgatt--attctctgggcaatccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32849671|gb|CD989352.1|CD989352
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGT
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGT
EST: gi|149111106|gb|EE294602.2|EE294602
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
EST: gi|71449206|gb|DR830256.1|DR830256
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTTGTGGTACTGAAA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATT-GTGGTACTGAAA
EST: gi|78092903|gb|DV521277.1|DV521277
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
EST: gi|93014353|gb|EB639873.1|EB639873
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
EST: gi|13316197|gb|BG410644.1|BG410644
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAA
EST: gi|71763483|gb|DR961420.1|DR961420
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
EST: gi|13516143|gb|BG518419.1|BG518419
EST:     TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
EST: gi|149058762|gb|EE156780.2|EE156780
EST:     TAGCGCAGTCATGGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAG                         GGGCCATGTCCTGATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA
genomic: TAGCGCAGTCATTGACTAAGGCTATAGTCCAGGATTTTTTAATCCTTAAGgtatgtgttg ... tggggatcagGGGCCATGTCCTAATTGTGGTACTGAAAACCTTTCCTTCTTTGGGACTATA