Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcctatctgcaaagtaccgtttccttgatcacattctgtaccgagaaaatgcgctaattttttctgccttattctgaaaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G848696_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G848696_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g39270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTGATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaa--tctcctatctgcaa--agtaccgtttccttgatcacattctgtaccgagaaaatgcgctaattttttctgccttattctgaaaccag
||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||  |||  ||||| |||  |||||    |    |  | |||  ||  || || |||||| || |   | ||   |||| ||||||| |||
GTGATGAGTCCTTGTACAATAGAGTGGCATCCCTCCTTGATGTTATGGGCAAGgttaacttcttttatctacaatcagtactccatttaggccctcatattgagcc-aggaaatgcacttacgctgtc---cttactctgaaatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32865374|gb|CF005056.1|CF005056
EST:     GTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCAGCAATGAAGCTCGTG
genomic: GTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|211130363|gb|FL186937.1|FL186937
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|50328686|gb|CO523812.1|CO523812
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|78026971|gb|DV495358.1|DV495358
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|211130364|gb|FL186938.1|FL186938
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCNATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|211130360|gb|FL186934.1|FL186934
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|5398712|gb|AI812177.1|AI812177
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG
EST: gi|32860181|gb|CD999862.1|CD999862
EST:     ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAG                         TCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCAGCAATGAAGCTCGTG
genomic: ATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcc ... ctgaaaccagTCAAGGTTTTATCTTGGCGATGTAGGCAATGGTGCTGCAATGAAGCTCGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGATGAGTCCTTGTACAAGAGAGTGGCGCCCCTCCTTGATGTCATGGGGAAGgttaatctcctatctgcaaagtaccgtttccttgatcacattctgtaccgagaaaatgcgctaattttttctgccttattctgaaaccag

- - - - - - - -  AAGAGA