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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTAAAATCAAAACTAGACGTAGGCGTGATGGAGGGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaacatatcaatctgaaatatttgcatctgtggacaatttgaagagaataaaattgatgtacctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G812553_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G812553_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g03400.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GAGTAAAATCAAAACTAGACGTAGGCGTGATGGAGGGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaacatatca-atctgaaatatttgcatctgtggacaatttgaagagaataaaattga--tgtacctgcag
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GAGTCAAATCAAAACTAGATATAGGTATGATGGAAGGCCCAGATGGAAACCCACATTATTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagtcaagcatggctcatttgacctgtgaaattcaatggatggtttgaaaaggaaaaaattgctctgcacctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075654|gb|DV504088.1|DV504088
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|60340406|gb|DN207379.1|DN207379
EST:     TCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: TCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|50336722|gb|CO531848.1|CO531848
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|37376011|gb|CF624501.1|CF624501
EST:     TTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: TTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|71764065|gb|DR962002.1|DR962002
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|76285904|gb|DV025472.1|DV025472
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|89759547|gb|DY688342.1|DY688342
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|30032066|gb|CB833917.1|CB833917
EST:     TCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: TCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|32867364|gb|CF007046.1|CF007046
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|93281461|gb|EB673725.1|EB673725
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|76021472|gb|DT948642.1|DT948642
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|148976019|gb|EE025878.2|EE025878
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|50322460|gb|CO517586.1|CO517586
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|32933409|gb|CF038221.1|CF038221
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACCT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|78105461|gb|DV523879.1|DV523879
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|50334433|gb|CO529559.1|CO529559
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|71774560|gb|DR972438.1|DR972438
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|91051589|gb|EB162007.1|EB162007
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|78085115|gb|DV513508.1|DV513508
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|78078210|gb|DV506625.1|DV506625
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|78105462|gb|DV523880.1|DV523880
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|71436209|gb|DR817259.1|DR817259
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATT
EST: gi|91878206|gb|EB408163.1|EB408163
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|67022745|gb|CO451494.1|CO451494
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|78121934|gb|DV540318.1|DV540318
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|60356994|gb|DN223967.1|DN223967
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|30087317|gb|CB885525.1|CB885525
EST:     ACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: ACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|76285903|gb|DV025471.1|DV025471
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|40335239|gb|CK369309.1|CK369309
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAAGTTT-GGTAACT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGA-GTTTTGGTAACT
EST: gi|78121935|gb|DV540319.1|DV540319
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|71298751|gb|DR785364.1|DR785364
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|60355693|gb|DN222666.1|DN222666
EST:     ATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: ATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|8102673|gb|AW927320.1|AW927320
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|60359029|gb|DN226002.1|DN226002
EST:     ATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: ATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|32867365|gb|CF007047.1|CF007047
EST:     GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: GGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
EST: gi|31406360|gb|CD485092.1|CD485092
EST:     TCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTT                         GAGTGCTAAGCCAGTTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT
genomic: TCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaa ... gtacctgcagGAGTGCTAAGGCAGGTTATTTTGCTTCTATGTATAAGAGTTTTGGTAACTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTAAAATCAAAACTAGACGTAGGCGTGATGGAGGGTCCAAACAGAGAACCACACTTCTTTGTTAATGTTGCTGATATCCATTTgtaagttaaacatatcaatctgaaatatttgcatctgtggacaatttgaagagaataaaattgatgtacctgcag

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