Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatgtcaatatgtcattactagctctgtcttcagttacaacttgcgatatactgtctcagttctgagtatttttctgaatgtctttttaatttctatggatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G432128_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatgtcaatatgtcattactagctctgtcttcagttacaacttgcgatatactgtctcagttctgagtatttttctgaatgtctttttaatttctatggatag
||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |           |||   ||| | |  ||| ||||  ||   |  || || | |      |||||  |||  | | | ||| || |                
AGGGAAAGGATGAGCAGATTGATCTGGAGGTGTTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCTTTGTCTATGTACAACACTGATGAGgtgctgtaaact------ccatatttagtttt--ctttagttgaaaa--gtaatgtatttt------tctgaccattcctgtaactgttttatag--------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211440945|gb|FL371134.1|FL371134
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|211423961|gb|FL408856.1|FL408856
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|148957374|gb|EC903424.2|EC903424
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|32844962|gb|CD984643.1|CD984643
EST:     ACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|6695772|gb|AW288850.1|AW288850
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|211332798|gb|FL423282.1|FL423282
EST:     CTTCACTGGTGCTGGANGGAGT-GCCCTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TTCA-TCCGAGCTTTTGCTGAGGCTCCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAA
genomic: CTTCACTGGTGCTGGA-GGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagT-CAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAA
EST: gi|149110655|gb|EE190535.2|EE190535
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|21760011|gb|BQ635552.1|BQ635552
EST:     AGTTGCCTTGTCTATGTACAACACTGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCCGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: AGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|67031198|gb|CO459947.1|CO459947
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|149031177|gb|EE286335.2|EE286335
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|32844138|gb|CD983819.1|CD983819
EST:     ACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|67010786|gb|CO439535.1|CO439535
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|32846488|gb|CD986169.1|CD986169
EST:     ACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|31356012|gb|CD440369.1|CD440369
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACTGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCCGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|74237580|gb|DT645494.1|DT645494
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|148937601|gb|EC881791.2|EC881791
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|76286556|gb|DV026124.1|DV026124
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|60352979|gb|DN219952.1|DN219952
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGATGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|211107526|gb|FL402555.1|FL402555
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACTGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCCGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|60343928|gb|DN210901.1|DN210901
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|67023195|gb|CO451944.1|CO451944
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|148961311|gb|EE012038.2|EE012038
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|149055178|gb|EE156095.2|EE156095
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGGTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTA
EST: gi|211392274|gb|FL373436.1|FL373436
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGGACA-CTGCTTATGAGAAGAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATG-ACAACTGCTTATGAGAAGAA
EST: gi|6695773|gb|AW288851.1|AW288851
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTT
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTT
EST: gi|13198145|gb|BG354175.1|BG354175
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|21891602|gb|BQ744815.1|BQ744815
EST:     ACTTCACTGG-GCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACTGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCCGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|67019645|gb|CO448394.1|CO448394
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
EST: gi|211197469|gb|FL425784.1|FL425784
EST:     ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAG                         TCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA
genomic: ACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 280

AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAATGGCCACTCTACCTTAGCACCAAAAACACAATCCTGAAAAAATATGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 945

AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAATGGCCACTCTACCTTAGCACCAAAAACACAATCCTGAAAAAATATGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 979

AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAATGGCCACTCTACCTTAGCACCAAAAACACAATCCTGAAAAAATATGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1594

AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatg ... ctatggatagTCAATCCGAGCTTTTGCTGAGGCTTCTATGACAACTGCTTATGAGAAGAAATGGCCACTCTACCTTAGCACCAAAAACACAATCCTGAAAAAATATGATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGGAAAAGAAGAACAGATTGATCTGGAGGTATTCAACTTCACTGGTGCTGGAGGAGTTGCCTTGTCTATGTACAACACCGACGAGgtactacatgtcaatatgtcattactagctctgtcttcagttacaacttgcgatatactgtctcagttctgagtatttttctgaatgtctttttaatttctatggatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG