Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatagagatttgcatttagtgctacatggactttattgctgatttgctctgcgcaaaattgcatcctaaatctaattataacatgactcgagtgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G407044_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G407044_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g39570.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GGTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatagagatttgcatttagtgctacatgg--actttattgctgatttgctctgcgcaaaa-ttgcatcctaaatctaattataacatgactcgagtgt
|| ||||| |||||||||||| |||| ||| | | |||  ||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||| |  | |||  || ||      | |     | |   |   || |  | ||      ||  |||    ||| ||| ||   | |  |||  | |    
GGCGATGTCTATCCTGTGGAACCTTATGAGGGTTCATCCATGAACCAAGTACTTGATGCTCACTGGGGCGTCCTTGATGATGAAGATgtaagtttcaatattatcagtttagataaaagcattattcagtcagtgttaagttccatatgaaccttggcaactatatccaaactttatttgagacaaa---

upper sequence: GRMZM2G407044_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv05s0094g01110.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GGTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatagagatttgcatttagtgctacatggactttattgctgatttgctctgcg-caaaattgcatcctaa-atctaattataacatgactcgagtgt
|| ||||||||||| |||||| | |  ||  | || | | | ||  | || ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| |     |||     ||         | |  ||| || ||  ||   | || | ||  ||||    | |  |  |   |  |  ||||||    |  
GGAGATGTTTATCCAGTGGAACCATCTGATGGGTTCTTATTCAATAAAGTTCTTGATGCTCACTGGGGTGTTCTCTATGATGAAGATgtaaggaagcttattgctgcttctgatccttttgcatttgtttct--ttaagtttgtggcatcattgttctcaaggaagtgcatgcagaatgactactttta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89253086|gb|DY624872.1|DY624872
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|60338155|gb|DN205128.1|DN205128
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|78122764|gb|DV541148.1|DV541148
EST:     GTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACT
EST: gi|71435773|gb|DR816823.1|DR816823
EST:     GTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACT
EST: gi|78122763|gb|DV541147.1|DV541147
EST:     ACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: ACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|60340849|gb|DN207822.1|DN207822
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|211449937|gb|FL278245.1|FL278245
EST:     TGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: TGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT