Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttattgccttactctatggttacccttatttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174696_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174696_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g20750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTGGGCACTCTACAGGTCGCAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttatt---gccttactctatggttacccttatttgcag
||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |    |||||| |||  | || |  |||||   |  || ||  |   |||||     || | | || || ||   |  | |||||
GTGGGTACTCTACAGGTTGCCAGTACTGGTATAGTTGCCTTGAGCTATGTCCAGAAAGTTTCCGAGAAGgtagggccccaccaagaccaccat-tattttcaacagaagt-ttcacactttattttaatctgattgtaaggata---tggtatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37398312|gb|CF636468.1|CF636468
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|71428447|gb|DR809497.1|DR809497
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATAT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATAT
EST: gi|166626593|gb|EG081030.1|EG081030
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGATTTCATGTATAACCATATGTCAAG
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAG
EST: gi|6095402|gb|AW120069.1|AW120069
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|6095403|gb|AW120070.1|AW120070
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|211352868|gb|FL030242.1|FL030242
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|71428446|gb|DR809496.1|DR809496
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|32911927|gb|CF016739.1|CF016739
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|6095404|gb|AW120071.1|AW120071
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|60355450|gb|DN222423.1|DN222423
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|83279399|gb|DV943407.1|DV943407
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|32919688|gb|CF024500.1|CF024500
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT