Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgccagctttcttctcttcttgctcaacctaccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174204_T01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174204_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47580.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
------------------------------------------------GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgcc-agctttcttctcttcttgc---tcaaccta-ccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag
                                                || || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || ||   |   |||| ||  | ||||   | ||| |  || ||   | | ||| ||||| ||   | |||||  |||||
AGACATCCTGCTTTTACCTGTTGGTGCTTACAGACTTTATCTTTTCAGGTGAACGTTAGTGAACTTGGTCTGGTAACCCCTGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtaaggcatctgttgaatgttctgcttattttgctttttaacttctccctggaacttgttccataaaacagcgttcttgtcgtgcag

upper sequence: GRMZM2G174204_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgcc-agctttcttctcttcttgct---caaccta-ccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag
|| || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || ||   |   |||| ||  | |||||    ||| |  || ||   | | ||| ||||| ||   | |||||  |||||
GTGAACGTTAGTGAACTTGGTCTGGTAACCCCTGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtaaggcatctgttgaatgttctgcttattttgctttttaacttctccctggaacttgttccataaaacagcgttcttgtcgtgcag

upper sequence: GRMZM2G174204_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ37687 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgccagct--ttcttctcttcttgctcaacctaccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag
|||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||| |||  || || | |   ||     | | ||||| |   |||      | | | |||                         
GTAAATGTTAGCGAGCTCGGACTCGTAACTCCTGCTGGAAAAGTTGTATGGGgtaagattttggcgatccgattgaaaacgttttgctaactttactcatcttgcctctcag------------------------

upper sequence: GRMZM2G174204_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ15002 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgccagct--ttcttctcttcttgctcaacctaccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag
|||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||| |||  || || |     ||     | | ||||| |   |||      | | | |||                         
GTAAATGTTAGCGAGCTCGGACTCGTAACTCCTGCTGGAAAAGTTGTATGGGgtaagattttggcgatacgattgaaaacgttttgctaactttactcatcttgcctctcag------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17931305|gb|BM268265.1|BM268265
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|37398604|gb|CF636617.1|CF636617
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|45847995|gb|CN071938.1|CN071938
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTTTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGCTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|71440545|gb|DR821595.1|DR821595
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|60347312|gb|DN214285.1|DN214285
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|76917032|gb|DV166647.1|DV166647
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|166574342|gb|EG160659.1|EG160659
EST:     GGTAACTCCCGCTGG-AAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: GGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|50332540|gb|CO527666.1|CO527666
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTTTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|211296298|gb|FL480002.1|FL480002
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|45847152|gb|CN071095.1|CN071095
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGCTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|211523708|gb|FL481391.1|FL481391
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|60354693|gb|DN221666.1|DN221666
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|78109119|gb|DV527536.1|DV527536
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|71440546|gb|DR821596.1|DR821596
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACC
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACC
EST: gi|5739867|gb|AI947557.1|AI947557
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|166633764|gb|EG261317.1|EG261317
EST:     AAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|17930472|gb|BM267432.1|BM267432
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|45847376|gb|CN071319.1|CN071319
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGCTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|60350420|gb|DN217393.1|DN217393
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|211487760|gb|FL392997.1|FL392997
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|60340980|gb|DN207953.1|DN207953
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|37386665|gb|CF630520.1|CF630520
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
EST: gi|24766881|gb|CA402026.1|CA402026
EST:     AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGG                         GGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG
genomic: AAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 45

GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATGCTGTTTTGCTAGTGTAGAACCATAGTGAGATTTTGTTTATGGTGATGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 62

GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATGCTGTTTTGCTAGTGTAGAACCATAGTGAGATTTTGTTTATGGTGATGAA


Block sizes: 42 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 26

GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATGCTGTTTTGCTAGTGTAGAACCATAGTGAGATTTTGTTTATGGTGATGAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 49

GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatt ... tgtgttgcagGGAAATATGCTCAAGTTACAAACAACCCGGAGAATGATGGGTGTATCAATGCTGTTTTGCTAGTGTAGAACCATAGTGAGATTTTGTTTATGGTGATGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTAAATGTCAGTGAGCTTGGTCTGGTAACTCCCGCTGGAAAAGTTGTTTGGGgtgagaaatttgccagctttcttctcttcttgctcaacctaccttgagtccttttcaataaaccaaattgcttgtgttgcag

- - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA