Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatgacttcatctctactcaggatttctgtttcatttgtaactggttcctgaatgtatgctctttatgtcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G172322_T02
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G172322_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g06740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatgacttca--tctctactcaggatttctgtttcatttgtaactggttcctga-atgtatgct-ctttatgtcag
| ||||||||||  | || |||||  |  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||   || |  |   |||||   ||||| | || |||  | ||    | ||||    | | || | || || |||
ATTACCTGATCGCATTTTCATGAAACTCATTGTGTGTGCTACAACAAACAAAGTTGTAGGAGTACACATGTGTGGTGAAGACGCACCTGAGATAATTCAGgtctgcattgttttatattcttactctccatttcagctttattcctgacatactgctgatgaatttactacattttgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149037276|gb|EE155319.2|EE155319
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211393001|gb|FL405406.1|FL405406
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|60359695|gb|DN226668.1|DN226668
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211356738|gb|FL440505.1|FL440505
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|148956137|gb|EC901907.2|EC901907
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCCCCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|149101004|gb|EE187101.2|EE187101
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|71319218|gb|DR796369.1|DR796369
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|76285084|gb|DV024652.1|DV024652
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|93017205|gb|EB642725.1|EB642725
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211356737|gb|FL440504.1|FL440504
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211484881|gb|FL392986.1|FL392986
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACSAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211428017|gb|FL465135.1|FL465135
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211428077|gb|FL466325.1|FL466325
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|76932106|gb|DV172946.1|DV172946
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|166444235|gb|EG193721.1|EG193721
EST:     AGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|60398346|gb|DN231162.1|DN231162
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC