1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GTGGGTTCGGTTCTTCTCGGCTGTGCCTTCCTGTATGATATCTTCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgtgaaaggggattctgctatttggtggtatcctgaattttgctggttatagcatgttggtttcttctgcaaatag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G165351_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|149073466|gb|EE161770.2|EE161770
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: CAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG G-TGCCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAEST: gi|149086581|gb|EE176124.2|EE176124
genomic: CAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTG-CGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAA
EST: AAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|91054682|gb|EB165100.1|EB165100
genomic: AAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: AAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|32843028|gb|CD982709.1|CD982709
genomic: AAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|74234147|gb|DT642061.1|DT642061
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|67024697|gb|CO453446.1|CO453446
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|32848049|gb|CD987730.1|CD987730
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAAEST: gi|67017568|gb|CO446317.1|CO446317
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
EST: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTG GTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
genomic: TCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgt ... ctgcaaatagGTTGCGCGTGGCGACAAGACCGACGAGGATGGTGTGCCCATGCTGCTAAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGGGTTCGGTTCTTCTCGGCTGTGCCTTCCTGTATGATATCTTCTGGGTGTTTATCTCCAAGAGATGGTTTCATGAGAGCGTGATGATTGTGgtaagcgtgtgaaaggggattctgctatttggtggtatcctgaattttgctggttatagcatgttggtttcttctgcaaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG