Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGGTCGTTCCGATGAACCCTGCAATATATGCTTGGACTGCCCTGCTGCTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcacccgacagttgattgattcagaactctttttctgttctaacgttccagtttaatgcgttcactggatccaattcttcttctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G163159_T03
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148937964|gb|EC882197.2|EC882197
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|71760032|gb|DR957969.1|DR957969
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|78093036|gb|DV521410.1|DV521410
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|86473704|gb|DY240074.1|DY240074
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|78122235|gb|DV540619.1|DV540619
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|110214716|gb|EC896613.1|EC896613
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|78108412|gb|DV526830.1|DV526830
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
EST: gi|84970115|gb|DV171511.2|DV171511
EST:     CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAG                         TGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA
genomic: CTGGTGATTCACTCCGGCGTTTGCCATGCATGCACAAGTTTCACAAAGAGgtacgcaccc ... tcttctgcagTGCATTGACAGGTGGCTCGGGATGAAGATATGGTGTCCGGTTTGCAAGTCA